is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskólinn á Akureyri > Viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/18764

Titill: 
  • Erfðamengi Variovorax teg. MEA010 og skýring þess með tilliti til niðurbrotsferla þrávirkra lífrænna efna
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Arómatísk klórkolefnissambönd eru miklir mengunarvaldar sem geta safnast upp í lífkeðjunni og valdið þar skaða. Lífbrjótanleiki þeirra felst í genagengjum baktería sem hafa því hlutverki að gegna að brjóta slík efnasambönd niður. Í þessu verkefni voru notaðar erfðamengjarannsóknir til að kanna niðurbrotshæfileika Variovorax stofnsins MEA010 til niðurbrots á þrávirkum arómatískum klórkolefnissamböndum. Stofninn var heilraðgreindur, erfðamengi hans sett saman og skýring þess framkvæmd, bæði með sjálfvirkum og handvirkum annóteringaraðferðum.
    Niðurstöður verkefnisins eru þær að erfðamengi stofnsins MEA010 er í 305 samfellum sem mynda drög að erfðamengi stofnsins. Skýring erfðamengisins spáði fyrir um kóðandi gen sem taka þátt í niðurbroti þrávirkra lífrænna efna og lagt er til að MEA010 hafi að geyma óþekkt genagengi sem hugsanlega tekur þátt í niðurbroti á arómatískum klórkolefnissamböndum. Reynt var að magna upp og raðgreina eitt genið í því genagengi, sem kóðaði fyrir mögulegum karboxýmetýlenbútenólídasa. Mögnun og raðgreining tókst en ekki var unnt að greina hvort genið kóði fyrir virkum karboxýmetýlenbútenólídasa.
    Lykilorð: Variovorax, samsetning erfðamengis, skýring erfðamengis, niðurbrot klórkolefnissambanda, karboxýmetýlenbútenólídasi

  • Útdráttur er á ensku

    Aromatic chlorinated hydrocarbons are persistent pollutants that are a major environmental issue. The biodegradeability of these compounds often lies in the mobile elements of protein coding sequences within bacteria. In this research project, the biodegradation of persistent pollutants was examined within the genome of the Variovorax strain MEA010, where the genome was sequenced, assembled and annotated with both automatic and manual approaches.
    The results of this study is that the genome of the MEA010 strain is composed of 305 contigs, representing a draft genome. The annotation of the contigs resulted in findings of genes coding for various enzymes that participate in the biodegradation of persistent pollutants, and it is proposed that the MEA010 strain possesses an unidentified operon for degrading aromatic chlorinated compounds. Amplification of a gene, coding for putative carboxymethylenebutenolidase, was carried out with specialised primers and the gene analyzed. The amplification and sequencing of the gene for putative carboxymethylenebutenolidase was successful although the detection of active sites was impossible.
    Keywords: Variovorax, assembly, annotation, chlorinated hydrocarbons degradation, carboxymethylenebutenolidase

Samþykkt: 
  • 16.6.2014
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/18764


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Erfðamengi Variovorax teg. MEA010 og skýring þess með tilliti til niðurbrotsferla þrávirkra lífrænna efna2fin.pdf3.18 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna