is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskóli Íslands > Verkfræði- og náttúruvísindasvið > B.S. verkefni - Verkfræði- og náttúruvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/19965

Titill: 
  • Dreifni og mislitni í lengdarbreytileika mtDNA yfir eina kynslóð í þorski, Gadus morhua
Námsstig: 
  • Bakkalár
Leiðbeinandi: 
Útdráttur: 
  • Í þorski sem og ýmsum öðrum dýrategundum er lengdarbreytileiki til staðar í mt-DNA. Orsök hans er að finna í endurtekningum á D-lykkju svæði hvatberans. Þar er svokallað þríþátta ástand þar sem D-þráður verður til ásamt H-og L-þætti DNAsins. Endurtekningarnar eru við 5'-enda D-lykkjunnar, 40 basapara bútar sem mynda annarsstigsbyggingar. Athyglisvert er að allir þorskar sem skoðaðir hafa verið eru mislitna um þennan lengdarbreytileika. Fjöldi endurtekninga er misjafn og var áhugi fyrir því að kanna hvaða breytingar yrðu á dreifni og mislitni lengdarbreytileikans við flutning erfðaefnisins frá móður til eggs, þ.e. yfir eina kynslóð. Svæðið var magnað með PCR aðferð með þar til gerðum vísum. Afurðirnar voru keyrðar bæði á agarósageli, pólíakrílamíðgeli og í sjálfvirku rafdráttartæki. Mæður voru keyrðar oftar en einu sinni og á fleiri en einum stað í gelinu. Eggin voru keyrð einu sinni hvert um sig en fjöldi þeirra notaður á sama hátt og endurteknar keyrslur mæðra.
    Niðurstöður voru þær að stökkbreytingar verða við myndun eggfrumunnar. Meðaltöl stærðar lengdarendurtekninga endurtekinna eggja hverfa að meðaltali. Meðaltöl eggja móður með lágt meðaltal eru stærri en meðaltal móðurinnar en meðaltöl eggja móður með hátt meðaltal eru minni en meðaltal móðurinnar. Um dreifni gildir hins vegar það að egg hverrar móður hafa aukningu í dreifni miðað við móðurina. Stökkbreytingarnar sem valda breytingunum eru bæði DNA tilfærsla sem og mishröð eftirmyndun DNA búta af mismunandi lengd. Ályktað er að val verði við þroskun eggjanna yfir í fullveðja einstaklinga sem minnkar breytileika og dreifni.

  • Útdráttur er á ensku

    Length variation is found in Atlantic cod mtDNA as in many other animal species. In cod this is based on 40 base pair tandem repeats in the D-loop region of the mtDNA. The tandem repeats are at the 5'-end of the D-loop and they can form stable secondary structures. Each cod investigated so far is heteroplasmic for the length variation and the number of repeats varies between one and ten. The question investigated here is whether during a single generation transition mutation generate detectable additional variance and new heteroplasmic length variants. A DNA region of interest was PCR amplified from a number of unfertilized eggs from six mothers. The PCR products were run in agarose gels, in polyacrylamide gels and in an automatic DNA sequencer. Each egg was run once but the numerous eggs of a single mother formed replicas similar to repeated runs of the mothers.
    The mean number of tandem repeats among eggs varied as a function of the mean number of repeats among mothers. However, the eggs of mother with a a low number of repeats tended to have a higher number than the mother whereas eggs of mother with a high number of repeats tended to have fewer numbers of repeats than the mother — a form of regression towards the mean number of tandem repeats.
    The variance of the distribution of tandem repeats of the eggs of each mother are greater then the variance of the mother. The probable cause of the changes are considered to be DNA replication slippage and a different rate of DNA replication of different sized molecules. The possibility that selection is working to reduce the variation and the variance is discussed.

Samþykkt: 
  • 29.10.2014
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/19965


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
katrin_halldorsdottir_6ein.pdf683.85 kBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna