ÍslenskaenEnglish

Aðilar að Skemmunni

Leit eftir:


LokaverkefniHáskóli Íslands>Heilbrigðisvísindasvið>Meistaraprófsritgerðir>

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/21500

Titlar
  • Shiga toxín myndandi E. coli (STEC) í ýmsum matvælum, dýrum og vatnssýnum á Íslandi

  • en

    Shiga Toxin Producing E. coli (STEC) in various foods, animals and water samples in Iceland

Skilað
Maí 2015
Útdrættir
  • Matvælatengdir sjúkdómar í mönnum af völdum Shiga toxín myndandi Escherichia coli (STEC) eru vel þekktir um allan heim. STEC eru meinvirkar bakteríur sem geta valdið niðurgangi sem og öðrum alvarlegum sjúkdómum í mönnum á borð við blæðandi ristilbólgu (e. haemorrhagic colitis) og rauðkornasundrunar- og nýrnabilunarheilkennis (e. haemolytic uraemic syndrome). Margar sermisgerðir tilheyra STEC en sú algengasta og best þekkta er Escherichia coli (E. coli) O157:H7. Tilvikum af völdum non-O157 STEC hefur fjölgað mikið og þau sem aðallega hafa verið tengd við alvarlegustu sjúkdómana tilheyra sermisgerðum O26, O45, O103, O111, O121 og O145. Helstu meinvirkniþættir STEC eru shiga toxín 1 og/eða 2 (stx1/stx2) og intimin (eae). Náttúrulegir hýslar STEC eru hús- og villidýr, einkum jórturdýr sem skilja út bakteríurnar í umhverfið með saur. Oft má því rekja uppruna sýkinga í mönnum til nautgripa og afurða þeirra. Á Íslandi greinast reglulega stök tilfelli af E. coli O157:H7 í mönnum en hópsýkingar hafa ekki komið oft upp. STEC sýkingar hafa ekki verið stórt vandamál hér á landi en fáar rannsóknir hafa verið gerðar til að staðfesta það.
    Markmið þessarar rannsóknar var að setja upp rauntíma PCR aðferð til að kanna útbreiðslu sjö aðal STEC af sermisgerðunum O26, O45, O103, O111, O121, O145 og O157 í dýrum, matvælum, vatnssýnum og í mönnum. Aðferðin byggist á tveimur tilbúnum rauntíma PCR prófum frá Bio-Rad, iQ-Check STEC VirX og SerO. Samhliða rauntíma PCR aðferðinni var gerð magngreining til samanburðar á hefðbundnum E. coli bakteríum í matvælum og vatnssýnum.
    Tekin voru alls 165 sýni; 50 dýrasaursýni úr nautgripum og kindum, 30 vatnssýni úr lækjum, frárennsli, sjó og skólpi, 40 hrá kjötsýni úr nautgripum, svínum og kindum, 10 sýni úr blönduðu grænmeti, fimm hrámjólkursýni úr nautgripum og 30 mannasaursýni. Sýnin voru sett í rauntíma PCR próf fyrir þremur helstu meinvirknigenum STEC (stx1, stx2 og eae). Ef genin voru til staðar voru sýnin prófuð áfram með öðru rauntíma PCR prófi sem getur greint sjö sermisgerðir STEC. Samhliða voru sýnin, að undanskyldum saursýnunum, sett í E. coli magngreiningu.
    Hlutfall jákvæðra sýna með tilliti til meinvirknigenanna stx1, stx2 og eaa var 25,4%. Flest jákvæðu sýnin voru dýrasaursýni, en 18 af 25 (72,0%) nautgripasaursýna voru jákvæð og 14 af 25 (56,0%) kindasaursýnum. Af vatnssýnum voru 2 af 17 (11,7%) lækjarsýnum jákvæð, 3 af 7 (42,8%) frárennslissýnum, 1 af 5 (20,0%) sjósýnum og 1 af 1 (100%) sýni af hreinsuðu skólpi reyndist jákvætt. Aðeins 2 af 40 (5,0%) hráum kjötsýnum voru með meinvirknigenin sem og 1 af 5 (20,0%) hrámjólkursýnum en ekki tókst að greina sermisgerðir. Önnur sýni reyndust neikvæð. Allar STEC sermisgerðirnar greindust í sýnunum nema STEC O157:H7. Algengust var sermisgerð O45 eða í 15 sýnum alls (35,7%).
    Með uppsetningu á rauntíma PCR prófunum hefur tekist að sýna fram á tilvist fleiri STEC sermisgerða en E. coli O157 hér á landi. Jafnframt er þetta fyrstu rannsóknir sem sýna fram á tilvist sjúkdómsvaldandi STEC í dýrum og umhverfi á Íslandi.

  • en

    Food related diseases in humans that are caused by the Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) are well known throughout the world. STEC are virulent bacteria that can cause diarrhoea along with other serious diseases in humans such as haemorrhagic colitis (HC) and haemolytic uraemic syndrome (HUS). Many serotypes belong to STEC but the most common and most well known is Escherichia coli (E. coli) O157:H7. Instances which are caused by non- O157 STEC have increased dramatically and those linked to the most serious diseases belong mainly to serotypes O26, O45, O103, O111, O121 and O145. The main virulence factors for STEC include production of the shiga toxins 1 and/or 2 (Stx1, Stx2) and intimin (eae). Natural reservoirs of STEC are domestic and wild animals, especially ruminants who shed the bacteria with their feces into the environment. The origins of infections in humans can often be traced back to cattle and their products. Single cases of E. coli O157:H7 in humans are regularly diagnosed in Iceland, however outbreaks are not common. STEC infections have not been a large problem in the country, yet few studies have been done to confirm this.
    The aim of this research was to set up a real time PCR method to analyse the spread of the seven main STEC serotypes O26, O45, O103, O111, O121, O145 and O157 in animals, food products, water samples and in humans. The method was based on two commercial real time PCR kits from Bio-Rad, iQ-Check STEC VirX and SerO. Along with the real time PCR method a quantity analysis was done to compare traditional E. coli bacteria in food products and water samples.
    The number of samples taken was 165 in total; 50 animal faecal samples from cattle and sheep, 30 water samples from streams, drainage, sea and sewage, 40 raw meat samples from cattle, swine and sheep, 10 samples from mixed vegetables, 5 raw milk samples from cattle and 30 human faecal samples. The samples were tested for the three main STEC pathogens (stx1, stx2 and eae) with a real time PCR kit. If the genes were present the samples were further tested with another real time PCR kit that could identify seven STEC serotypes. The samples, with the exception of the faecal samples, were also quantity analysed for E. coli.
    The rate of samples that were positive for stx1, stx2 and eaa virulence genes was 25.4%. Most of the positive samples were animal faecal samples, 18 of 25 (72.0%) cattle faecal samples were positive and 14 of 25 (56.0%) sheep faecal samples were positive. Of the water samples, 2 of the 17 (11.7%) stream samples were positive as well as 3 out of 7 (42.8%) drainage samples, 1 out of 5 (20.0%) sea samples and 1 of 1 (100%) treated sewage. Only 2 out of 40 (5.0%) raw meat samples contained the virulence genes along with 1 out of 5 (20.0%) of the raw milk sample, it was however not possible to identify the serotypes in these samples. Other samples were negative. All STEC serotypes were identified in the samples except for STEC O157:H7. The most common was the serotype O45 which was found in 15 samples (35.7%).
    By conducting real time PCR kits the existence of more STEC serotypes than E. coli O157 in Iceland has been shown. These are also the first research that confirm the existence of STEC in animals and the environment in Iceland.

Samþykkt
13.5.2015


Skrár
NafnRaðanlegtStærðRaðanlegtAðgangurRaðanlegtLýsingRaðanlegtSkráartegund
Msc_ritgerd_KS.pdf1,77MBOpinn Heildartexti PDF Skoða/Opna