is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskólinn á Akureyri > Viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/24982

Titill: 
  • Tíðni Pan I arfgerða hjá þorskseiðum við botntöku
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Þorskur er ein mest rannsakaða fisktegundin í Atlantshafi. Rannsóknir hafa sýnt að í þorski hefur genasætið Pan I tvær samsætur og að þessar samsætur hafi sterka fylgni við það hvort þorskurinn lifir á grunnslóð eða í djúpsjó. Þorskar með Pan IAA arfgerðina lifa á grunnslóð en þorskar með Pan IBB arfgerðina lifa í djúp sjó. Tíðni Pan I arfgerða þorsks tengist einnig fjölda annarra vistfræðilegra þátta og arfgerðum sem eru undir náttúrulegu vali hjá þorski. Því er Pan I mikilvægt merkigen fyrir ákvarðanatöku varðandi nýtingu og vernd þorskstofnsins.
    Í þessu verkefni var tíðni Pan I samsæta í þorskseiðum stuttu eftir botntöku könnuð. Seiðin voru veidd á um 80 daga tímabili í Ísafjarðardjúpi á < 2 metra dýpi og um það bil 100 metra dýpi. DNA var einangrað úr seiðunum, PCR hvarf, ensím skerðing með DraI og rafdráttur voru gerð. Gerð var tölfræðigreinig á FST gildi á milli seiða frá < 2.0 metra dýpi og af 100 metra dýpi, HE og HO, einnig var gerð aðhvarfsgreining til að meta fylgni á milli arfgerða og tíma eftir botntöku.
    Í ferlinu komu upp nokkur vandamál sem brugðist var við eins og hægt var. Sem dæmi má nefna að DNA virtist ekki vera að einangrast nægjanlega og því birtust engin bönd hjá meiri hluta sýnanna við rafdrátt. Breyta þurfti PCR hvarfinu, hækka hitastig og auka magn sýna til þess að fá almennilega mögnun á DNA-inu.
    Niðurstöður þessa verkefnis benda til þess að þorskseiði með mismunandi Pan I arfgerðir haldi til á ólíku dýpi, og að þorskseiði sem eru með arfgerðina Pan IAA haldi til á grunnslóð inn til fjarða. Örfá sýni voru með arfgerðina Pan IAB en ekkert sýni var með arfgerðina Pan IBB. Ekki var marktækur munur á arfgerðum seiða sem veidd voru á < 2.0 metra dýpi og á 100 metra dýpi. Tíðni arfgerða yfir tíma botntöku breyttist ekki línulega.
    Á auðveldan máta má nú kanna tíðni Pan I í þorskseiðum við Rannsóknarsetur HÍ á Vestfjörðum þar sem vist- og atferlisrannsóknir á þorski eru stundaðar.
    Lykilorð: Þorskur, arfgerðir, vistnýting, náttúrlegt val, Pan I.

  • Útdráttur er á ensku

    Atlantic cod (Gadus morhua) is one of the most studied fish species in the Atlantic. In Atlantic cod alleles at the Pan I locus have frequently been found to correlate with whether Atlantic cod lives in shallow or deep water. Cod with Pan IA allele predominantly live in inshore waters but cod with Pan IB allele predominantly live in the deep sea. It is also believed that the Pan I genotypes of cod are related to a number of ecological factors and phenotypic traits, that may be under natural selection in Atlantic cod. Pan I genotypes are therefore important for decision-making regarding management and conservation of Atlantic cod stocks.
    In this project, the frequency of Pan I alleles in Atlantic cod juveniles were examined. The juveniles were caught during an 80 day period in Ísafjardardjúp at < 2.0 meters and at a depth of approximately 100 meters. DNA was extracted from the juveniles, PCR reaction, enzyme restriction and electrophoresis was performed. Statistical analysis was performed as to calculate FST values between juveniles from <2.0 meters and 100 meters, HE and HO values, correlation between genotypes and period was estimated with regression.
    Several problems arose for example did the DNA not yield adequate DNA concentrations resulting in sporadic amplification of the Pan I locus. To solve that problem modifications were made on the PCR reaction, raising the temperature and quantity of samples to get proper amplification of the DNA.
    The results showed that the juvenile Atlantic cod in shallow coastal sites most frequently have the genotype Pan IAA, a few samples had the genotype Pan IAB while no samples had the genotype Pan IBB. This suggests that habitat selection is present at the juvenile phase. Juveniles sampled at 100 meters and < 2.0 meters did not differ and there was no correlation between sampling time and genotypes.
    It is now possible to rapidly and safely test Atlantic cod for Pan I locus at The Univesity of Iceland´s rannsóknarsetur in the Westfjords where ecological and behavioral research of cod are conducted.
    Keywords: Atlantic cod, genotype, ecological niche, natural selection, Pan I.

Athugasemdir: 
  • Verkefnið er lokað til 29.3.2136.
Samþykkt: 
  • 6.6.2016
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/24982


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
BS PanI.pdf1.44 MBLokaður til...29.03.2136HeildartextiPDF