Samlífsbakteríur Hraunglyrnu (Ophioparma ventosa)

Abstract

Í þessari rannsókn var kannað hvaða samlífsbakteríur eru að finna í fléttunni Ophioparma ventosa, en það er hrúðurflétta sem er fremur sjaldgæf hér á landi en finnst víða í Norður-Evrópu. O. Ventosa, sem þekkist sem hraunglyrna hér á landi, hefur lítið verið rannsökuð en vitað er að hún framleiðir ýmis örveruhemjandi efni svo sem dívarikatínsýru, þamnolínsýru og úsnínsýru. Til þess að komast að því hvaða samlífsbakteríur eru til staðar í hraunglyrnu voru sýni af fléttuþalinu og askhirslunum sáð á æti og athugað hvort mismunandi örverur séu að finna í fléttuþalinu og askhirslunum. Gerð voru eiginleikapróf með API-20E og API-zym prófum á einangruðu stofnunum auk þess að athuga hvort þeir brjóti niður xylan, taki upp fosfat eða nýti sér metýl sem orkugjafa. Framkvæmt var kólóníu PCR-hvarf til að einangra DNA hverrar bakteríu fyrir sig og DNA svo sent til raðgreiningar. Einnig var DNA fléttunnar einangrað með cetýl trímetýlammóníum brómíð (CTAB) aðferð. Alls voru tuttugu og fjórir stofnar einangraðir úr hraunglyrnu sýninu og sýndu sextán stofnar jákvæðar niðurstöður á kólóníu PCR-hvarfi. Raðgreindir voru átján stofnar og mögulegt var að tegundagreina þrettán stofna með BlastN. Það kom í ljós að til staðar eru bakteríur úr flokkum Actinobaktería, Alpha-, Beta-, og Gammapróteobaktería auk baktería úr fylki Firmicutes. Af þeim átján stofnum sem sendir voru til raðgreiningar, brutu sjö niður xylan, tólf stofnar tóku upp fosfat og níu stofnar nýttu sér metýl.

In this research project the diversity of lichen-associated bacteria from the lichen Ophioparma ventosa were studied. O. ventosa can be found in Northern Europe and it has been shown that the lichen produces various antimicrobial substances, such as divaricatic and thamnolic acids and low amount of usnic acid. To determine the culturable lichen-associated bacteria from O. ventosa, a samplesof the perithecium and the thallus were plated on agar plates to examine if different microbes were found in the perithecium and the thalli. Several identification test were performed on the bacterial isolates, including API-20NE and API-zym, degradation of xylan and uptake of phosphate. Selection media for methylotrophic bacteria was also used. Colony-PCR was performed to isolate the DNA of each bacteria and the DNA sent for sequencing. The lichen DNA was also isolated with cetyl trimethylammonium bromide (CTAB) method. There were 24 strains isolated from O. vetnosa and 16 strains showed positive result from Colony-PCR. 18 strains were sent for sequencing and it was possible to identify 13 strains whit BlastN.the bacteria were found to belong to the classes of Actinobacteria, Alpha-, Beta- and Gammaproteobacteria along with bacteria from the phylum Firmicutes. From the 18 strains that were sent for sequencing, 7 strains produced xylanase, 12 strains showed uptake in phosphate and 9 strains were methylotrophic.