ÍslenskaenEnglish

Aðilar að Skemmunni

Leit eftir:


LokaverkefniHáskóli Íslands>Verkfræði- og náttúruvísindasvið>Meistaraprófsritgerðir>

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/3041

Titill

Universal detection of single-base mismatches in duplex DNA using fluorescent nucleoside Çf

Útdráttur

The fluorescent nucleoside (fluoroside) Çf is a cytosine-analogue that forms a stable base pair with deoxyguanosine in duplex DNA. Upon incorporation of the fluoroside into double stranded DNA, it retains most of its fluorescence. Furthermore, the fluorescent signal is different depending on the nucleotide that Çf is base-paired to, making it able to identify its base-pairing partner. These abilities make it a promising candidate for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping. A preliminary study showed that the flanking sequence, i.e. the nucleotides immediately flanking the 3´ and 5´ side of the fluoroside, affected the emission of Çf (Cekan P and Sigurdsson ST (2008), Chem. Comm., 29, 3393-3395). We were therefore interested in examining the effects of all possible flanking sequences on the fluorescence intensity of Çf. We found that the flanking sequence does induce changes in the emission, but to a different degree depending on the flanking sequence in question. In fact, there were three distinct levels of mismatch detection. First, in the majority of flanking sequences (10 of 16), Çf was capable of identifying its base-pairing partner. In the second category (3 of 16), Çf was able to discriminate the fully base paired duplex from the mismatches. In the last category (3 of 16), the fluoroside was not able to distinguish the fully base paired duplex from a mismatch. However in the sequences where distinction between all base-pairing partners was not possible, we were able to alter conditions, such as temperature, solvent polarity and ionic conditions, so that full discrimination was facilitated. In particular, addition of Hg2+ proved useful as it resulted in the selective quenching of the T-mismatched duplexes. The ability to use Çf in any flanking sequence makes it one of the most versatile SNP genotyping probes available today.

Athugasemdir

Íslenskt ágrip:
Flúrljómandi kirnisleifin (flúorósíðið) Çf er afleiða deoxýsýtidíns og myndar stöðugt basa par við gúanósín. Við innlimun flúorósíðsins í tvíþátta kjarnsýru (DNA), verða litlar breytingar í styrk flúrljómunarinnar. Að auki er hið flúrljómandi merki ólíkt eftir því við hvaða kirnisleif Çf er parað. Þannig getur Çf greint hvaða basi er á mótstæða þættinum. Þessir eiginleikar gera flúorósíðið að mjög ákjósanlegum flúrljómandi hópi til að greina SNP (e. Single Nucleotide Polymorphism), sem eru einkirnis-stökkbreytingar sem geta valdið hinum ýmsu sjúkdómum. Fyrri rannsóknir á áhrifum hliðstæðra basa, þ.e. basa sitt hvorum megin við Çf, bentu til þess að þeir hafa áhrif á flúrljómun (Cekan P and Sigurdsson ST (2008), Chem. Comm., 29, 3393 – 3395). Því var ákveðið að skoða áhrif allra mögulegra hliðstæðra basa á flúrljómun flúorósíðsins og 16 flúrljómandi fákirni smíðuð. Niðurstöðurnar sýndu að hliðstæðu basarnir hafa töluverð áhrif, en að mismiklu leyti. Unnt var að greina áhrif hliðstæðra basa í þrjá flokka. Í fyrsta flokknum, og reyndar þeim stærsta (10 af 16), var hægt að greina nákvæmlega hvaða basi væri á mótstæða þættinum. Í næsta (3 af 16), var unnt að greina rétta basa-pörun við G frá mispörun. Í þriðja flokknum (3 af 16) gat Çf ekki greint réttu basa-pörunina frá mis-pöruðu DNA. Aftur á móti var unnt, með því að breyta aðstæðum svo sem hitastigi, skautun leysa og jónastyrk, greina á milli allra basa sem basa-paraðir voru við Çf, óháð hliðstæðum bösum. Kvikasilfursjónir (Hg2+) voru sérstaklega nytsamlegar, þar sem þær lækkuðu flúrljómun Çf sérhæft þegar um T-mispörun var að ræða. Því er unnt að nota Çf til þess að greina SNP, óháð hliðstæðum bösum.

Birting
12.6.2009


Skrár
NafnRaðanlegtStærðRaðanlegtAðgangurRaðanlegtLýsingRaðanlegtSkráartegund
Thesis_fixed.pdf8,45MBOpinn Heildartexti PDF Skoða/Opna