en English is Íslenska

Thesis University of Iceland > Verkfræði- og náttúruvísindasvið > Meistaraprófsritgerðir - Verkfræði- og náttúruvísindasvið >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1946/11690

Title: 
  • Rvb1/Rvb2 interacting proteins in an evolutionary context
Submitted: 
  • May 2012
Abstract: 
  • Rvb1 and Rvb2 are essential proteins that are highly conserved for eukaryotes, making them interesting from a functional and evolutionary point of view.
    Their essential role in the cell can not be analysed by knocking them out so an alternative method is needed to make inference about the functions of the Rvbs. Using proteins that co-purify with the Rvbs gives an insight into the functions of these interesting proteins. Regions of homology in proteins that immunoprecipitate with the Rvbs for each of the organisms can give important insight into the conserved roles of the Rvbs.
    Immunoprecipitation coupled with protein tandem mass spectrometry allows sampling of the affinity purified proteins without any prior knowledge about the interacting proteins.
    Interpreting an interaction experiment with statistical methods is a non-trivial task. However the statistics of a typical pull-down experiment are under-powered and the statistical features of the dataset make the data difficult to analyse. The work presented in this thesis is successful in making biological conclusions about the Rvbs with a robust statistical method.
    One of the features of protein tandem mass spectrometry is that the mapping of the peptides to the proteins is not an injective relation. A draft model was constructed to adjust for this by using a Bayesian hierarchical spatial method. This model has uses in other aspects of computational biology such as paralogs and splice variants in transcriptomics experiments that share cDNA fragments.

  • Abstract is in Icelandic

    Rvb1 og Rvb2 eru lífsnauðsynleg prótein sem eru varðveitt í öllum heilkjörnungum og eru þess vegna áhugaverð fyrir frumulíffræði og þróunarfræði. Vegna þess að þau eru frumunni nauðsynleg er ekki hægt að athuga áhrifin af því að fella þau út með stökkbreytingum.
    Því er ný aðferðarfræði nauðsynleg til að segja eitthvað um virkni Rvb próteinanna. Með því að nota prótein sem tengjast við Rvb fáum við hugmynd um hlutverk Rvb1 og Rvb2 í frumunni. Svæði sem sýna samvörun á milli lífvera í próteinum sem koma fyrir í ónæmisfellingu gefa góða hugmynd um varðveitta virkni Rvb próteinnanna.
    Ónæmisfelling með raðtengdum massgreinum sýnir hvaða prótein eru til staðar í hreinsaða sýninu án þess að hafa upplýsingar um flóka Rvb1 og Rvb2. Það er ekki hlaupið að því að túlka gögn úr ónæmisfellingum. Gagnasöfnin úr þessum tilraunum hafa ýmsa tölfræðilega eiginleika sem erfitt er að fást við. Þessi ritgerð lýsir aðferð sem nær að draga líffræðilegar ályktanir með stikalausum tölfræðilegum aðferðum.
    Einn af þessum tölfræðilegu eiginleikum þessara gagna er að tengslin milli próteinanna og peptíðanna eru ekki einkvæmt ákvörðuð. Það var gerð frumgerð af módeli sem tekur fyrir það vandamál að próteinin deila peptíðum. Lausnin var útfærð með marglaga Bayesískri nálgun sem býr til fylgnifylki byggt á fjarlægð milli próteina. Þetta líkan hefur notagildi á öðrum sviðum reiknilegrar líffræði, t.d. mat á tjáningu mRNA umrita sem deila hluta af röðinni.

Accepted: 
  • May 14, 2012
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/11690


Files in This Item:
Filename Size VisibilityDescriptionFormat 
MS_thesis_hakon_final_version.pdf2.18 MBLocked Until...2050/05/06HeildartextiPDF