Kennigreining samlífisbaktería Peltigera membranacea fléttna

Abstract

Samlífisbakteríur fléttna hafa ekki verið rannsakaðar að miklu leyti hingað til og eru hlutverk þeirra að mestu óþekkt, en margt bendir þó til að þær séu í raun nauðsynlegur hluti af fléttusambýlinu. Í þessu verkefni var kennigreining framkvæmd á ljósóháðum samlífisbakteríum sem einangraðar voru úr Peltigera membranacea fléttusýni. Stofnar sem einangraðir voru úr fléttunni voru ræktaðir upp í hreinrækt og hæfni þeirra til niðurbrots á ákveðnum tegundum fjölliða könnuð auk þess sem athugað var hvort einhverjir stofnanna framleiddu örveruhemjandi virk efni gegn nokkrum algengum sýkingarvaldandi örverum í mönnum. Þá voru hreinræktaðir stofnar einnig tegundagreindir með hlutraðgreiningu á 16S rRNA geni þeirra auk þess sem framkvæmd var greining á örverufræðilegum fjölbreytileika í P. membranacea fléttusýni með DGGE aðferð. Heildar DNA af ræktunarskálum var einnig skimað með sértækum prímerum með Plate Wash PCR aðferð til athugunar á þeim hópum ræktanlegra baktería sem til staðar eru í fléttunni. Niðurstöður þessa verkefnis eru að fjórir stofnar sýndu jákvæða svörun í einni eða fleiri niðurbrotsprófunum og þá gat einn stofninn brotið niður alls fjórar mismunandi tegundir fjölliða. Enginn stofn reyndist hins vegar hafa örveruhemjandi virkni gegn þeim tegundum sýkla sem prófað var gegn. Raðgreining sýndi að hreinræktaðir stofnar reyndust vera tegundir innan ættkvíslanna Pseudomonas, Burkholderia og Variovorax og skimun með sértækum prímerum með Plate Wash PCR aðferð leiddi í ljós að Alphaproteobacteria væri til staðar í fléttusýninu en aðrar fylkingar var ekki unnt að greina. Lykilorð: Umhverfisörverufræði, kennigreining, samlífisbakteríur fléttna, Peltigera membranacea.

Lichen-associated bacteria have not been widely studied. Their roles in the symbiosis are still poorly understood but nevertheless studies have indicated that these bacteria are essential part of the lichen symbiosis. In this research project, strains of non-phototrophic lichen-associated bacteria, isolated from Peltigera membranacea lichen sample, were characterized. The strains ability to solubilise various polymers were observed along with their antimicrobial activity against few types of common human pathogens. Strains were also sequenced using 16S rRNA-specific primers and the microbial diversity in the P. membranacea lichen was analysed using DGGE method. Also the Plate Wash PCR strategy was used where total DNA of incubated plates was screened using group-specific primers. The results show that four of the tested strains displayed ability to solubilise polymers and one of the strains was able to solubilise four different kinds of polymers. None of the strains showed antimicrobial activity against the tested pathogens. The results indicated that the sequenced strains belonged to the genera Pseudomonas, Burkholderia and Variovorax and screening of total DNA with group-specific primers showed the presence of Alphaproteobacteria in the lichen sample but other phyla could not be distinguished. Keywords: Environmental microbiology, identification, lichen-associated bacteria, Peltigera membranacea.