en English is Íslenska

Thesis University of Iceland > Heilbrigðisvísindasvið > B.S. verkefni - Heilbrigðisvísindasvið >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1946/15405

Title: 
  • is Eyður í röðum TruSeq-raðgreiningar og notkun Sanger-aðferðar til að fylla í þær
Submitted: 
  • June 2013
Abstract: 
  • is

    Inngangur: Íslensk erfðagreining hefur heilraðgreint 2663 Íslendinga með TruSeq tækni frá Illumina sem er annarrar kynslóðar raðgreiningartækni. Með þessari aðferð hafa fundist margir breytileikar (SNP og INDEL) með tengsl við sjúkdóma. Tengsl sumra þessara breytileika við sjúkdóma er óútskýrð þar sem þeir hafa ekki skilgreinda virkni, m.ö.o. þeir er eru í innröðum, milli gena eða breyta ekki aminósýrum. Þegar raðgreint er með TruSeq eru ákveðin svæði sem tekst ekki eða illa að raðgreina og því vantar upplýsingar um basaröð hjá öllum eða flestum einstaklingum. Hluti þessara eyða lenda í tjáða hluta erfðamengisins. Markmið rannsóknarinnar var að skoða eyður í útröðum gena og kanna hvort fýsilegt sé að raðgreina þær með Sanger (fyrstu-kynslóðar) raðgreiningu og athuga hvort í þeim fyndust áður óþekktar stökkbreytingar sem gætu útskýrt tengsl nálægra breytileika við tiltekna sjúkdóma eða svipgerðir.
    Efni og aðferðir: Valin voru 41 svæði í 21 geni til skoðunar. Svæðin höfðu í fyrsta lagi litla raðgreiningardýpt (eyður), voru í öðru lagi nálægt erfðabreytileikum án skilgreindrar virkni, sem sýnt höfðu tengsl við tiltekna sjúkdóma í gögnum ÍE. Fyrir hvert gen voru raðgreindir 11-12 einstaklingar (alls 258) sem voru bæði berar af einum af áðurnefndum breytileikum og höfðu auk þess sjúkdóminn sem breytileikinn tengdist. Framkvæmd var PCR mögnun á svæðunum og afurðin svo rafdregin á geli til að kanna útkomu mögnunarinnar. PCR afurð var svo raðgreind með báðum vísum (fram og aftur) með Sanger-aðferð. Við mögnunina var notaður Taq polymerasi með viðbættu DMSO. Fyrir þrjú erfið svæði voru prófaðar tvær mismunandi ensímblöndur (Taq með 2xDMSO og Advantage polymerasablanda) og tvær mismunandi hitastigsstillingar í PCR- hvarfinu.
    Niðurstöður: Fullnægjandi raðgreiningarniðurstöður fengust fyrir 31 svæði af 36. Raðgreining með Sanger-raðgreiningu gaf betri niðurstöður en TruSeq í 17 af 20 genum með eyður. Alls fundust 18 breytileikar á þessum svæðum. Þar af fannst einn þögull breytileiki í útröð POU3F3 sem ekki hefur áður fundist hjá ÍE.
    Ályktun: Ljóst er að nota má Sanger-raðgreiningu til að fylla upp í eyður sem verða þegar TruSeq heilraðgreining er gerð og þar með finna breytileika sem ekki finnast í heilraðgreiningu með TruSeq. Þessir breytileikar gætu útskýrt tengsl ákveðinna gena við sjúkdóma.

Accepted: 
  • Jun 3, 2013
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/15405


Files in This Item:
Filename Size VisibilityDescriptionFormat 
ritgerd_v2.pdf772.82 kBOpenHeildartextiPDFView/Open