is Íslenska en English

Lokaverkefni (Meistara)

Háskóli Íslands > Heilbrigðisvísindasvið > Meistaraprófsritgerðir - Heilbrigðisvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/17235

Titill: 
  • Titill er á ensku Analysis of EDNRA: A gene connected to atherosclerosis
  • Greining á EDNRA, geni tengdu æðakölkun
Námsstig: 
  • Meistara
Leiðbeinandi: 
Útdráttur: 
  • Hjarta og æðasjúkdómar þar sem æðakölkun er undirliggjandi ástæða eru helsta dánarorsök um allan heim. Æðakölkun er sjúkdómur æðaveggjarins og er þróun hans vel skilgreind. Uppsöfnun kólesteróls og dauðra fruma í æðaveggnum sem er meðal annars afleiðing af samsöfnun á átfrumum í innlagi æðaveggjarins sem leiðir til myndunar æðakölkunarskella (e. plaque). Þar sem æðakölkun er kerfissjúkdómur og finnst í flestum slagæðum líkamans þá má greina hvort einstaklingur hafi æðakölkun með B-mode ómskoðun til dæmis á hálsslagæðum. Mæling á tveim innstu lögum æðaveggjarins kölluð innlags og miðlags þykkt (e. intima media thickness, IMT) hefur verið notuð sem mælikvarði á einkennalausa æðakölkun og verið sett fram sem aðferð til að spá fyrir um áhættu einstaklinga á að fá hjarta eða heilaáföll. Önnur mæling er meira afgerandi tengd æðakölkun og með meira forspárgildi en það er mæling á æðaskellunum sjálfum í æðunum. CHARGE vinnuhópurinn, sem Öldrunarrannsókn Hjartaverndar (AGES Reykjavik study) tilheyrir lagði saman gögn frá mörgum langvarandi framskyggnum rannsóknum og framkvæmdi safngreiningu til að leita að stöðum í erfðamenginu sem væru tengd æðakölkun í hæálsslagæðum. Nokkur erfðamörk (e. SNPs) tengdust báðum hálsslagæðasvipgerðunum. EDNRA setið reyndist sérstaklega áhugavert. Það sýndi tengsl við báðar hálsslagæðasvipgerðirnar auk þess sem að tengjast kransæðasjúkdómi. Það skráir fyrir æðaþels viðtaka A (endothelin type A receptor) sem bindur endothelin 1 sem veldur samdrætti æða. Þar sem erfðamörkin sem fundust í CHARGE rannsókninni höfðu enga þekkta virkni má álykta að erfðamörkin gætu verið í tengslaójavfnvægi (e. linkage disequilibrium, LD) við annan eða aðra starfræna erfðabreytileika. Hér í þessari rannsókn var notuð 1000 erfðamengja (1000 Genomes) tilreiknun (e. imputation) ásamt setraða (haplotype) rannsóknum til að skilgreina frekar CHARGE EDNRA aðal erfðamarkið (rs 1878406) til að reyna að finna starfræna(n) erfðabreytileika.
    Rauntíma PCR mæliaðferð var hönnuð til að greina aðalerfðamark EDNRA gensins og voru 5,521 einstaklingar frá Áhættuþáttakönnun Hjartaverndar (REFINE Reykjavik study) erfðamarkagreindir. Aðhvarfsgreining var notuð til að kanna samband milli aðal erfðamarks og hálsslagæðasvipgerða; IMT og æðaskella. LD myndir voru útbúnar. Fyrst fyrir allt EDNRA genið þar sem Haploview forritið var notað og síðan fyrir þau erfðamörk sem voru í sterku LD við aðalerfðamarkið þar sem forritið SNAP var notað til að útbúa tengslamyndir. Erfðamarka aðhvarfsgreining var framkvæmd á erfðamörkum sem voru arfgerðagreind með beinum hætti sem og á 1000 erfðamengja tilreiknuðu erfðamörkunum í Öldrunarrannsókn Hjartaverndar (3,219 einstaklingar). Þar voru könnuð tengsl milli framangreindra erfðamarka og hálsslagæðasvipgerðanna. Tilreiknuð og beint arfgerðargreind erfðamörk voru innan svæðis chr4:148,392,069-148,476,106 (Hg19) sem nær yfir 84kb og inniheldur allt EDNRA genið auk um 10kb fyrir framan og aftan genið. FastPHASE forritið var notað til að útbúa setraðir fyrir 11 erfðamörk í EDNRA geninu sem vor erfðamerkt með beinum hætti í Öldrunarrannsókninni. Setraðir voru útbúnar og samband milli þeirra og æðaskella kannað með aðhvarfsgreiningu. Fylgni milli erfðamarka og milli ii
    erfðamarka og setraða var fundin með Pearson’s fylgnistuðlum. Virknitenging (e. functional annotation) fyrir tölfræðilega marktæk erfðamörk var gerð með RegulomeDB og SNPnexus.
    Samband aðalerfðamarksins og bæði æðaskella (OR= 1.25, 95% CI; 1.05-1.49) og IMT (β=0.0126, 95% CI; 0.00588-0.0193) var sannreynt í óháðu Íslensku þýði, Áhættuþáttakönnun Hjartaverndar. LD rannsókn á EDNRA geninu sýndi að aðalerfðamarkið var innan tengslasvæðis sem innihélt tvær fyrstu tjáningaraðir EDNRA gensins sem og hluta af innröð 2 og svæðis fyrir framan EDNRA genið. Frekari fíngreining á LD með LD myndum og nálægðar (e. proxy) LD prófunum fann að röðin fyrir framan nær 28kb framfyrir EDNRA genið og 23kb inní genið. Aðhvarfsgreiningin fann að 15 erfðamörk voru marktækt tengd hálsæðaskellum OR, 95%CI (alpha=0.01) og 63 erfðamörk marktækt tengd IMT (alpha=0.01). Þrettán erfðamörk voru marktækt tengd bæði hálsslagæðaskellum og IMT. Ein setröð fyrir EDNRA tengdist mögulega við hálsslagæðaskellu. Að auki fannst vísbending um aðra tengingu við hálsslagæðaskellur í innröð 6 í EDNRA geninu sem þarfnast frekari rannsóknar. Setraðarannsókn fann að þessi nýju tengsl í innröð 6 voru sterkt tengd við erfðamark sem sýndi sterkara OR 1.95 (95% CI;1.01-3.76) heldur en aðalerfðamarkið OR 1.30 (95% CI;1.10-1.53) fyrir hálsslagæðaskellur. Rannsóknin greindi því setröð sem er mögulega tengd við hálsslagæðaskellur og fangar bæði tengslin í innröð 6 sem og erfðamarkið fyrir framan EDNRA genið. Þessi rannsókn fann að aðalerfðamarkið (rs 1878406) er í sterku LD við annað erfðamark (rs6841581) þar sem áður hefur verið sýnt fram á tjáningamun á milli seta í EDNRA geninu. Þetta erfðamark hafði sambærileg tenglsl við bæði hálsslagæða - skellu og þykknun.

Samþykkt: 
  • 28.1.2014
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/17235


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Analysis of EDNRA - a gene connected to atherosclerosis - ROV 2014.pdf1.88 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna