is Íslenska en English

Lokaverkefni Háskóli Íslands > Verkfræði- og náttúruvísindasvið > Rannsóknarverkefni - Verkfræði- og náttúruvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/18596

Titill: 
  • Titill er á ensku Search for fusion genes in breast cancers which have amplified regions
  • Leit að samrunagenum í brjóstakrabbameinum sem bera mögnun
Leiðbeinandi: 
Útdráttur: 
  • Útdráttur er á ensku

    Breast cancer is the most common cancer in women and genomic aberrations are common in the tumors. Amplifications of chromosomes and chromosomal translocations are examples of such aberrations which can affect tumor development by upregulating gene expression and through the formation of fusion genes. The aim of this assignment is to search for fusion genes in breast cancer tumors with emphasis on known amplified regions. Special focus is on the 8p11-12 region which is amplified in 10-15% of all breast cancers and only one gene in the region has been linked to tumor development. To predict possible fusion genes we ran paired-end RNA sequencing data for chosen breast cancer cell lines and breast cancer tumors through SOAPfuse, an algorithm that detects fusion genes. Chosen fusion gene predictions were further analyzed using Sanger sequencing for validation. With these methods we were able to find and verify fusion genes that were previously known in the MCF7 breast cancer cell line. SOAPfuse analysis for the samples revealed fusion genes which were formed due to translocations, chromosomal inversions and deletions. Some of these fusions were recurrent while others were special for each sample. A NOTCH2NL fusion was detected by SOAPfuse in the T-47D breast cancer cell line and in 5/8 ER+ breast cancer tumors. We verified the fusion in T-47D using Sanger sequencing. NOTCH family genes have previously been found in fusion genes which affect tumor development in breast cancers. Other interesting fusion genes await verification and chosen verified fusion genes will be further studied in Icelandic breast cancer tumors.

  • Brjóstakrabbamein er algengasta krabbamein í konum og eru erfðabrenglanir algengar í æxlunum. Magnanir á litningasvæðum og litningayfirfærslur eru dæmi um slíkar brenglanir sem geta leitt til æxlismyndunar vegna yfirtjáningar gena eða myndunar samrunagena. Markmið þessa verkefnis er að leita að samrunagenum í brjóstakrabbameinum með áherslu á þekkt mögnunarsvæði. Sérstök áhersla er á 8p11-12 svæðið en það er magnað i 10-15% brjóstaæxla og aðeins eitt áhrifagen æxlismyndunar hefur verið skilgreint á þessu svæði. Til að finna möguleg samrunagen keyrðum við háhraðaraðgreiningargögn fyrir valin brjóstakrabbameinsæxli og brjóstakrabbameins frumulínur í gegnum SOAPfuse forritið sem finnur (leitar eftir) samrunagenum. Af þessum mögulegu samrunagenum voru nokkur valin til frekari greiningar með Sanger raðgreiningu til að staðfesta að þau væru til staðar. Með þessum aðferðum tókst okkur að finna og staðfesta fyrirfram þekkt samrunagen í MCF7 brjóstakrabbameinsfrumulínunni. Könnun á greiningu úr SOAPfuse leiddi í ljós samrunagen sem hafa orðið til vegna litningayfirfærslu, viðsnúninga litningabúta og samruna litningasvæða á sama litningi. Sum samrunagenin koma fyrir í mörgum sýnum, meðan önnur eru einstök fyrir hvert sýni. NOTCH2NL samruni var fundinn af SOAPfuse í T-47D brjóstakrabbameinsfrumulínunni og í 5/8 ER+ brjóstakrabbameinum. NOTCH2NL samruninn var staðfestur í T-47D með Sanger raðgreiningu. NOTCH genafjölskyldan hefur áður verið fundin í samrunagenum sem hafa áhrif á æxlismyndun í brjóstakrabbameinum. Unnið er að því að staðfesta fleiri áhugaverð samrunagen og fylgt verður eftir völdum staðfestum samrunagenum í íslenskum brjóstaæxlum.

Samþykkt: 
  • 2.6.2014
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/18596


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Search for fusion genes in breast cancers which have amplified regions.pdf1.94 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna