is Íslenska en English

Lokaverkefni (Doktors)

Háskóli Íslands > Verkfræði- og náttúruvísindasvið > Doktorsritgerðir - Verkfræði- og náttúruvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/19198

Titill: 
  • Titill er á ensku Multiple spots with the same probe on tiled RNA expression microarrays
Námsstig: 
  • Doktors
Útdráttur: 
  • Útdráttur er á ensku

    Tiled microarrays are a technology to target non-coding RNAs. In this thesis, custom arrays are designed with the same probe at multiple locations. This allows measuring sources of errors in microarray data that are otherwise neglected, as well as measuring the consistency of selection methods.
    The analyses performed in this thesis can broadly be split in two categories; analysing sources of variation in microarray data and developing selection methods for targeting expressed and differentially expressed regions. These analyses are the substance of the four papers presented Part \ref{part.papers}, as well as unpublished expansions of the topics of the papers, detailed in Section \ref{ch:developed}.
    Paper I estimates the difference in signal intensities both within and between probe pairs that contain a Single Nucleotide Polymorphism and differ only by the varying allele. The majority of probe-pairs with sufficiently high expression have significant differences in expression levels within the pair that
    is consistent with the genotype. By using the expression level of the probe within the
    probe-pair that has the higher value, one receives more accurate estimates.

    Paper II shows that most RNA sequences are pairwise significantly differently expressed, including randomly generated ones. A search for sequences with expression levels which are significantly different from the population of random ones is therefore proposed. The analysis of within-array replicates indicates that within-array variability can be considerable and can be reduced by replicating probes within the array.
    Paper III proposes a selection method to identify relatively long regions of moderate expression. The method is used to search for candidate long non-coding RNAs (lncRNAs) at locus 8q24.2 and is run on three independent experiments. The method shows high consistency between experiments that used the same samples, but different probe layout. There is statistically significant consistency between experiments on different samples.
    Paper IV evaluates the TileShuffle method as a method of finding lncRNAs at 8q24.2. The method is run on three microarrays which all contained the same sample and repeated copies of tiled probes. Monte Carlo simulations showed poor consistency in areas selected between arrays. A crude application of the method can result in most of the region being selected.
    This thesis shows how repeating the same probe on multiple spots on a microarray can greatly improve accuracy of expression estimates; new methods for locating expressed regions can be applied that show greater consistency than conventional methods. Finally, guidelines for design of tiled microarray experiments are proposed that may be beneficial for all users of tiled microarray experiments.

  • Greiningunum í þessari ritgerð má skipta í tvo flokka; að greina og meta breytileika í örflögugögnum og valaðferðir fyrir tjáð og mismunandi tjáð svæði á genamenginu. Greiningarnar mynda stoð fjögurra greina en einnig eru óbirtar útvíkkanir sýndar.

    Fyrsta greinin metur mun á merkjum milli og innan þreifarapara sem innihalda einsbasabreytileika. Pörin innihalda hvort sína samsætuna en eru annars eins. Meirihluti þreifarapara með hátt útslag eru misháir innan paranna og munurinn er í samræmi við arfgerð sýnanna. Með því að nota merki þess þreifara sem gefur hærra útslag fæst nákvæmara mat á merkinu.

    Næsta grein sýnir að flestar RNA raðir eru ólíkt tjáðar, þar með talið slembivaldar raðir. Lagt er til að leita heldur að röðum sem hafa marktækt ólíka tjáningu en slembivaldar raðir. Greining á endurteknum reitum með sama þreifara sýnir að breytileiki innan flagna getur verið umtalsverður. Draga má úr honum með því að koma fyrir endurteknum reitum með sama þreifara á hverri flögu.

    Þriðja greinin leggur til valaðferð fyrir tiltölulega löng svæði með hóflega tjáningu. Aðferðin er notuð til að leita að löngum RNA tjáðum svæðum á 8q24.2 og keyrð á þremur óháðum tilraunum. Aðferðin sýnir mikið samræmi milli tilrauna sem nota sömu sýnin en ólíka gerð þreifara. Einnig er marktæk samkvæmi í vali milli tilrauna með ólík sýni.

    Fjórða greinin metur þekkta valaðferð fyrir löng RNA tjáð svæði á 8q24.2. Aðferðin er keyrð á þremur örflögum sem allar innihalda sama sýnið sem og endutekna reiti fyrir hvern þreifara. Hermanir sýndu lélegt samkvæmi í vali á svæðum milli flagna sem innihéldu sama sýnið.

    Ritgerðin sýnir því hvernig endurteknir reitir bæta nákvæmni í mati á tjáningu umtalsvert og setur fram nýja valaðferð til að finna tjáð svæði með meira samræmi en hefðbundnar aðferðir. Að lokum eru lagðar til ráðleggingar um tilraunahönnun þaktra örflagna.

Samþykkt: 
  • 25.6.2014
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/19198


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
phdutf8.pdf5.97 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna