is Íslenska en English

Lokaverkefni (Meistara) Landbúnaðarháskóli Íslands > Auðlindadeild (2005-2016) > Meistaraprófsritgerðir - Auðlindadeild >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/20392

Titill: 
  • Titill er á ensku Genome-wide association study of muscle traits in Icelandic sheep
Námsstig: 
  • Meistara
Útdráttur: 
  • Rannsókn þessi leitaði að mögulegum tengslum á milli BLUP einkunnar fyrir vöðvasöfnun og einbasabreytileika í erfðamengi íslensku sauðkindarinnar. DNA var einangrað úr blóðsýnum úr 96 sauðkindum og það arfgerðargreint með örflögu sem inniheldur sæti fyrir 606.006 einbasabreytileika. Sýnum var skipt í fimm hópa eftir uppruna; einn hópurinn inniheldur sýni frá tilraunabúinu á Hesti í Borgarfirði, annar sýni frá Sæðingastöðvum Vesturlands og Suðurlands og sá þriðji sýni úr kollóttu fé á Ströndum, í þessum hópum er fé sem hefur verið valið skipulega fyrir vöðvasöfnun. Hinir tveir hóparnir eru Höfðafé safnað á Stafholtsveggjum í Borgarfirði og svo forystufé safnað hér og þar um landið, í þessum hópum er fé sem hefur ekki verið valið fyrir vöðvasöfnun. Tölfræðilega marktækur munur er á BLUP einkunnum fyrir holdfyllingu skrokka á milli hópa eftir því hvort valið hefur verið fyrir vöðvasöfnun eða ekki. Við skoðun á stofngerð kom í ljós að forystuféð skar sig frá öðrum hópum á mynd sem sýnir breytileika reiknaðan út frá erfðafjarlægð milli allra gripa. Erfðamengis-tengslagreining (e. genome-wide association study) var framkvæmd annars vegar með BLUP einkunn sem eiginleika og hins vegar með öll sýnin skipt í tvo hópa; valið vöðvafé og óvalið fé sem tilfelli og viðmið (e. case/control). Fáir einbasabreytileikar voru tölfræðilega marktækt tengdir við eiginleikana en þeir sem sýndu háa fylgni voru teknir til skoðunar. Nálægt þeim einbasabreytileikum sem sýndu fylgni við vöðvastærð fundust 13 gen sem geta talist koma til greina sem gen sem hefur áhrif á vöðvastærð í íslensku sauðfé. Þessi gen eru CSF3R, ADAM17, GADD45B, GRID2, SPG11, DAB2, FREM3, GAB1, KLF13, AKAP6, PNN, DOCK1 og TRRAP. GADD45B hefur virkni sem tengist stjórnun á vexti og frumudauða. Það var raðgreint í 11 sýnum, sýnin voru borin saman og borin við genið í viðmiðunarerfðamengi sauðfjár en enginn breytileiki sem hefur áhrif á virkni próteinsins fannst. Til þess að fá tölfræðilega marktækar niðurstöður á erfðamengis-tengslagreiningunni þyrfti að endurtaka rannsóknina með fleiri arfgerðargreindum sýnum. Til þess að finna breytingu sem gæti orsakað aukna vöðvasöfnun þyrfti að raðgreina öll genin sem teljast koma til greina.

  • Útdráttur er á ensku

    The study presented here investigated the possible association of genome-wide SNPs to a BLUP score for muscularity in the Icelandic sheep breed. Genomic DNA was extracted from 96 blood samples and genotyped for 606,006 SNPs. The selected samples were divided in five groups; sheep from Hestur experimental farm, sheep from the artificial insemination station and polled sheep from the North-west of Iceland, all of which have high muscularity and sheep from Stafholtsveggir and leadersheep both with low muscularity. The „high muscle‟ and „low muscle‟ sheep have significantly different BLUP scores for muscularity. Icelandic leadersheep that belonged to the „low muscle‟ controls differed from the other groups in a multidimensional scaling analysis based on genomic kinship. A genome-wide association analysis was performed using both a continuous trait (BLUP score) and a binary trait with samples divided into cases and control (high vs. low-muscle). Few statistically significant SNPs were detected, but the SNPs that scored highest for association were further analyzed. Close to the highest ranking SNPs 13 genes were identified as possible candidate genes for muscularity of the Icelandic sheep. They are CSF3R, ADAM17, GADD45B, GRID2, SPG11, DAB2, FREM3, GAB1, KLF13, AKAP6, PNN, DOCK1 and TRRAP. GADD45B, a gene involved in regulation of growth and apoptosis located on chromosome 5, was sequenced in 11 samples which were aligned and mapped to the reference gene. No variants causing a functional change of the protein were detected. More genotyped samples are needed to increase statistical significance of results and sequencing of more candidate genes is needed to locate causal variants.

Samþykkt: 
  • 20.1.2015
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/20392


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
OOG_MS_thesis.pdf1.88 MBOpinnPDFSkoða/Opna