is Íslenska en English

Lokaverkefni (Meistara)

Háskóli Íslands > Heilbrigðisvísindasvið > Meistaraprófsritgerðir - Heilbrigðisvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/21606

Titill: 
  • Titill er á ensku A search for a cancer susceptibility gene in a high risk breast cancer family without a mutation in BRCA1 and BRCA2
  • Leit að brjóstakrabbameinsgeni í fjölskyldu með háa tíðni meinsins og án stökkbreytingar í BRCA1 og BRCA2
Námsstig: 
  • Meistara
Útdráttur: 
  • Útdráttur er á ensku

    Approximately 5-10% of breast cancer (BC) patients belong to high-risk BC families. Although mutations in BRCA1 and BRCA2 account for close to half of such families, the majority is still unexplained. The aim of this study was to identify a new BC gene by analyzing whole genome sequencing (WGS) data from one high-risk BC family without a mutation in BRCA1 and BRCA2 and screen for candidate mutations in unselected BC patients and controls.
    WGS had previously been performed on DNA samples from three BC patients from a high-risk BC family including five women diagnosed with the disease. The data resulting from the WGS was analyzed in the program Ingenuity® Variant AnalysisTM (IVA) where the variants were filtered based on quality, frequency, predicted deleteriousness and genetic and biological contexts. In this project the focus was set on analyzing variants predicted to result in loss-of-function (LOF) of the gene harboring them, i.e. variants that were predicted to result in protein truncation, altered splicing or binding alterations of miRNAs. Twenty-two such variants were detected in the data: eleven insertions/deletions (indels) and eleven single nucleotide polymorphisms (SNPs). Information gathered from published data and online databases on these variants led to selection of four candidate variants for further studies. These four variants were genotyped in a group of unselected BC patients and controls. One of them, a splice domain variant in the gene Atlastin GTPase 2 (ATL2 c.1129-3_1129-2insT), was significantly more frequent among unselected BC patients (minor allele frequency (MAF) = 0.83%) than controls (MAF = 0.41%), OR = 2.04 and p-value = 0.009. A high proportion (57%) of the carriers identified among the unselected BC patients had a family history of BC. Results from cDNA analysis of ATL2 in carriers and non-carriers revealed the wild type sequence only and it did not indicate altered splicing. Furthermore, analysis of a possible allelic imbalance showed no evidence of loss of heterozygosity (LOH) in tumors of carriers.
    The results indicate that ATL2 c.1129-3_1129-2insT is a moderate BC risk variant. However, the finding needs to be validated which might be challenging due to low frequency of the variant in other populations. This variant does not alone explain the high risk of BC in the family. Thus it can be concluded that the increased BC risk in the family is most likely explained by more than one genetic variant that jointly contribute to the risk of BC. The next steps involve searching for additional moderate to low risk variants in this family and additional families and to analyze the missense SNPs that were identified in the study but were not analyzed further in this project.

  • Um 5-10% þeirra sem greinast með brjóstakrabbamein (BK) tilheyra fjölskyldum þar sem tíðni BK er aukin og það flokkast sem ættgengt með sterk áhrif erfðaþátta. Þrátt fyrir að stökkbreytingar í genunum BRCA1 og BRCA2 skýri tæplega helming þessara fjölskyldna þá er meirihluti þeirra ekki skýrður af þekktum erfðaþáttum. Markmið verkefnisins var að nota gögn úr háhraðaraðgreiningu á DNA sýnum úr þremur BK sjúklingum einnar íslenskrar fjölskyldu með aukna áhættu á BK til þess að finna stökkbreytingu með háa sýnd sem gæti skýrt þessa auknu áhættu á BK sem er áberandi í fjölskyldumeðlimum.
    Úrvinnslan tók til niðurstaðna háhraðaraðgreiningar sem hafði verið framkvæmd á erfðamengi (e. Whole genome sequencing) DNA sýna úr þremur BK sjúklingum úr fjölskyldu sem í voru fimm konur sem höfðu greinst með meinið. Við úrvinnslu gagnanna var notast við forritið Ingenuity® Variant AnalysisTM (IVA) þar sem þau voru síuð með tilliti til gæða raðgreiningarinnar, tíðni breytinganna, hversu skaðlegar þær væru taldar vera og erfðafræðilegra og líffræðilegra þátta. Í þessu verkefni voru sérstaklega teknar fyrir stökkbreytingar sem voru taldar leiða til taps á virkni gensins sem þær fundust í þ.e. eyðileggja próteinafurð þess, ásamt breytingum sem hafa áhrif á splæsingu eða eyðileggja bindingu microRNA (miRNA). Tuttugu og tvær slíkar breytingar fundust í gögnunum, ellefu innskot/úrfellingar og ellefu eins basa breytileikar (e. Single nucleotide polymorphism). Þegar búið var að afla frekari upplýsinga um genin sem þessar breytingar fundust í og hvaða áhrif þær gætu haft á virkni þeirra voru fjögur innskot/úrfellingar skoðaðar nánar. Skimað var fyrir þeim í hópi óvalinna BK sjúklinga og viðmiðunarhópi. Ein þeirra, breyting í splæsiseti í geninu Atlastin GTPase 2 (ATL2 c.1129-3_1129-2insT) var með marktækt hærri tíðni í hópi óvalinna BK sjúklinga (0,83%) en í viðmiðunarhópi (0,41%), OR = 2,04 og p-gildi = 0,009. Stór hluti (57%) arfberanna sem fundust í hópi óvöldu BK sjúklinganna hafði fjölskyldusögu um brjóstakrabbamein. Niðurstöður úr raðgreiningu á ATL2 þar sem notað var cDNA úr arfberum og viðmiðunar sýnum gaf ekki til kynna að breytingin hefði áhrif á splæsingu gensins. Skoðað var hvort ójafnvægi myndaðist milli ATL2 samsætna í æxlum frá arfberum en engar vísbendingar voru um að önnur hvor samsætan myndi tapast (e. Loss of heterozygosity).
    Niðurstöðurnar gefa til kynna að ATL2 c.1129-3_1129-2insT sé stökkbreyting sem eykur líkur á BK tvöfalt. Það er mikilvægt að staðfesta þessar niðurstöður en það gæti reynst erfitt vegna þess að breytingin er mjög sjaldgæf fyrir utan íslenska þýðið. ATL2 breytingin skýrir ekki ein og sér þessa háu tíðni BK í fjölskyldunni. Þess vegna er líklegt að fleiri breytileikar eigi eftir að finnast sem mögulega spila saman í að auka áhættu á BK í fjölskyldu meðlimum. Næstu skref felast því í að leita að breytingum með lága til meðal sýnd en einnig að skoða skiptibreytingarnar (e. Missense mutations) í þessari fjölskyldu sem voru ekki skoðaðar í þessu verkefni.

Samþykkt: 
  • 22.5.2015
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/21606


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Edda Sigríður Freysteinsdóttir.pdf1.9 MBLokaður til...31.05.2050HeildartextiPDF