Mat á styrkgildum umbrotsefna í efnaskiptalíkönum með Monte Carlo hermun

Abstract

Skortur á gögnum hefur lengi hamlað þróun á kvikum líkönum í kerfislíffræði. Erfitt er að mæla gildi hraðafasta og styrkgildi allra um- brotsefna í lífverum. Tilraun var gerð til að meta styrkgildi umbrots- efna í grunnefnaskiptalíkani E.coli með slembisýnatöku á varmafræði- lega mögulegum ástöndum. Með þeim má reikna beint út sérstaka hraðafasta sem eiga að nálga kvika eiginleika frumunnar. Einnig er fjallað um C++ útfærslu af ACHR-sampling reikniritinu sem nýtt var við slembisýnatökuna. Styrkgildin sem fengust úr slembisýnatökunni pössuðu illa við mæld gildi úr E.coli. C++ útfærsla ACHR-sampling reikniritsins var ekki mikið hraðari en MATLAB útfærsla þess.