en English is Íslenska

Thesis University of Iceland > Heilbrigðisvísindasvið > Diplómaritgerðir - Heilbrigðisvísindasvið >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1946/24684

Title: 
  • is HPR0 afbrigði ISAV veirunnar í eldislaxi á Íslandi: Gæði raðgreininga á sýnum sem undirbúin eru á mismunandi vegu.
Submitted: 
  • May 2016
Abstract: 
  • is

    ISA (Infectious salmon anaemia) eða blóðþorri er tilkynningaskyldur veirusjúkómur sem herjar á Atlantshafslaxinn (Salmon salar). Faraldrar af meinvirkum stofnum (ISAV-HPRvir) hafa komið upp í löndum allt í kringum Ísland. Sjúkdómurinn kemur upp í laxeldi en sjúkdómseinkenni hafa ekki sést í villtum laxi. Laxeldi er ört vaxandi iðnaður hér á landi, uppi eru áætlanir um verulega aukna framleiðslu á næstu misserum. Mikilvægt er að þekkja stöðuna með tilliti til þeirra sjúkdóma sem geta haft hvað mest áhrif á framleiðsluna. Landssamband fiskeldisstöðva og fleiri fagaðilar hafa ítrekað bent á að rannsóknir á sjúkdómum séu meðal brýnustu verkefna í greininni. Grunnþekking á sjúkdómum er mjög mikilvæg og líklegt er að hún geti í framtíðinni leitt til skjótari og markvissari aðgerða komi upp veirusjúkdómar og þar með dregið úr tjóni sem skapast kann vegna þeirra. Meinvirk afbrigði veirunnar eru með úrfellingar á hábreytilega svæði genabútar 6 (ISAV-HPR-), þar sem ómeinvirka afbrigðið, ISAV-HPR0, er óskert (285bp). Próteinafurð genabútar 6 er HE (hemagglutinin esterasi) sem er yfirborðsprótein í veiruhjúpnum og hefur með viðloðun veiru við hýsilfrumu að gera. Samband HPR0 og HPRvir er ekki að fullu þekkt, né hvað það er sem ýtir undir að veiran stökkbreytist og faraldur brýst út. Ómeinvirk afbrigði veirunnar (ISAV-HPR0) hefur greinst hérlendis í 0,63% af þeim sýnum úr eldislaxi sem skimuð voru á árunum 2011-2015.
    Alls 112 ISAV-HPR0 jákvæð sýni voru undirbúin með mismunandi hætti fyrir raðgreiningu. RT-PCR afurðir voru raðgreindar með og án tópóklónunar. Eins voru nokkur sýni rafdregin og gelhreinsuð áður en þau voru raðgreind. Raðgreininganiðurstöður voru unnar með forritinu Sequencher og gæði basaraða metnar. Gæðin voru metin sérstaklega með tilliti til lengdar á nýtanlegri basaröð og niðurstöður bornar saman á milli mismunandi undirbúningshópa.
    Niðurstöður rannsóknarinnar benda til þess að PCR hreinsun sýna fyrir raðgreiningu gefi marktækt fleiri nothæfar niðurstöður en séu sýnin tópóklónuð. cDNA hreinsun RT-PCR – og rafdráttar afurða, gefur jafn góðar og öruggar raðgeiningarniðurstöður samanborið við tópóklónaðar. PCR hreinsun getur stytt svartíma rannsóknarniðurstaðna um a.m.k. 3 daga. Tópóklónun er hinsvegar ákjósanleg sé ætlunin að nýta sýnið áfram t.d. sem viðmiðunarkontról þar sem sú aðferð gefur hærri styrk kjarnsýra í sýni.
    Raðgreiningarnar sýndu að um mjög einsleitan stofn, ISAV-HPR0, er að ræða hér á landi. Ekki greindist neinn breytileiki á basaröðum við innbyrðis samanburð. Samanburður við nágrannaþjóðir staðsetur íslenska HPR0 stofninn næst þeim norska og færeyska.
    Þekking á arfgerðum íslenskra HPR0 stofna ISAV, nýtist við frekari rannsóknir, eftirlit og áhættumat á ISAV veirunni á Íslandi.

Accepted: 
  • May 18, 2016
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/24684


Files in This Item:
Filename Size VisibilityDescriptionFormat 
ISAV-HPR0ritgerð.pdf2.91 MBOpenHeildartextiPDFView/Open