is Íslenska en English

Lokaverkefni (Meistara)

Háskóli Íslands > Heilbrigðisvísindasvið > Meistaraprófsritgerðir - Heilbrigðisvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/24695

Titill: 
  • Titill er á ensku Long range interactions of the IRF4 promoter in myeloma and melanoma
  • Langdrægar tengingar IRF4 stýrils í mergæxlum og sortuæxlum
Námsstig: 
  • Meistara
Útdráttur: 
  • Skipulag erfðamenginsins og lögun litninga hefur áhrif á tjáningu gena. Skipulagið er breytilegt milli frumna, þroskunarstigs og í frumuhringnum og hefur mikil áhrif á tengingar milli efliraða og stýrla og hefur þar með áhrif á genatjáningu. Það er því áhugavert að skoða langdrægar tengingar út frá stýrli gens til að rannsaka stjórnun þess. Í B frumum stjórnar umritunarþátturinn IRF4 flokkaskiptri endurröðun og hefur lykiláhrif á þroskun B frumna úr kímstöðvum í mótefnisseytandi plasma frumur. IRF4 er einnig nauðsynlegt fyrir lifun mergæxlisfrumna og gegnir auk þess hlutverki í litfrumum og sortuæxlum.
    Markmið þessarar rannsóknar var að mæla langdrægar tengingar út frá IRF4 stýrlinum með 3C tækninni sem byggir á hremmingu á stellingu litninga og bera saman milli mergæxla- og sortuæxlis- frumulína til að finna frumusértækar efliraðir sem hafa áhrif á tjáningu IRF4.
    Til að gera þetta var 3C tæknin sett upp og má nú nota til að mæla langdrægar tengingar. 3C tækninni var beitt á fimm frumulínur; Waldenström macroglobulinemia frumulínuna RPCI-WM1, mergæxla frumlínuna U266B1, sortuæxlis frumulínurnar 501mel og SKmel28 og HEK293T frumulínuna sem neikvætt viðmið í samanburðinum. Þetta leiddi í ljós að 17kb svæði ofan við IRF4 stýrilinn myndaði B frumulínu-háða litnislykkju yfir á IRF4 stýrilinn. Sviperfða gögn úr ENCODE verkefninu voru notuð til að rannsaka þetta 17kb svæði nánar og fundust tvær mögulegar efliraðir innan svæðisins. Með litnis-mótefnaútfellingu á histón umbreytingum og IRF4 fundust merki um efliraðir í svæðunum tveimur í RPCI-WM1 frumulínunni. Að lokum var efliraða-virkni annars svæðisins innan B frumulínu-háðu litnislykkjunnar yfir á IRF4 stýrilinn prófuð. Þar kom í ljós að svæðið hefur daufa efliraðavirkni.

  • Útdráttur er á ensku

    Gene expression is heavily dependent on the conformation of the genome as genetic elements loop out to interact with each other. Chromosome organization is highly dynamic, varying during the cell cycle, developmental stage and between different cell types affecting enhancer promoter connections, consequently affecting the corresponding gene expression. It is interesting to look at differences in long range chromatin interactions to study the underlying control of gene expression. In the B-lymphocyte lineage, expression of the transcription factor IRF4 leads to B-cell heavy chain class switch recombination and the generation of plasma cells from germinal centre B lymphocytes and is required for the survival of myeloma cell. Additionally, IRF4 plays a role in melanoma and pigmentation.
    The goal of this project was to look at the long range interactions of elements responsible for the transcription of the IRF4 gene in myeloma and melanoma using the chromosome conformation capture (3C) technique to study chromatin interaction.
    The chromosome conformation capture (3C) technique has been set up and can be used to find long range interactions. The 3C method was applied to five cell lines, the Waldenström macroglobulinemia cell line RPCI-WM1, the multiple myeloma cell line U266B1, the melanoma cell lines 501mel and SKmel28 and the human embryonic kidney cell line 293T (HEK293T). This method revealed a 17kb region upstream of the IRF4 promoter that forms a strong B cell linage-specific chromatin loop to the IRF4 promoter. Epigenetic data from the ENCODE project was utilized to study the 17kb looping region and identified two potential enhancer regions. The enhancer indicators of the regions were validated in the RPCI-WM1 cells using histone modification and IRF4 chromatin immunoprecipitation. Finally the ability of the more promising sub-sequence within the B cell lineage-specific looping region in the IRF4 locus, was tested in a transcription activation assay, revealing a modest enhancer activity of the region.

Samþykkt: 
  • 20.5.2016
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/24695


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Masters Thesis KHG Final.pdf1.11 MBLokaður til...20.05.2021HeildartextiPDF
Yfirlýsing_KristjánHólm.pdf321.09 kBLokaðurYfirlýsingPDF