is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskólinn á Akureyri > Viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/24992

Titill: 
  • Genetic variability at the Pantophysin I (PanI) locus in cod (Gadus morhua) in Eyjafjörður, Iceland.
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Kannaður var arfgerðabreytileiki í DNA röð Pantophysin (PanI) gensins hjá þorski (Gadus morhua) veiddum í Eyjafirði á tveimur tímapunktum, í mars og í maí. Þó hlutverk PanI gensis sé ekki þekkt þá hefur verið sýnt fram á að tvær samsætur þess endurspegla undirstofna með ólíka hegðun. Þorsk með PanIA samsætuna er helst að finna á 0-200 m dýpi á meðan þorskur með PanIB samsætuna heldur sig mest á 200-400m dýpi. Arfblendnu PanIAB fiskarnir geta sýnt bæði hegðunarmynstur.
    Arfgerðabreytileikinn í PanI var rannsakaður með PCR mögnun og skerðisetagreiningu með skerðiensíminu DraI. Þannig voru arfgerðirnar þrjár PanIAA , PanIAB og PanIBB skoraðar hjá 28 þorskum veiddum 11. mars og 83 þorskum veiddum 11. maí árið 2015. Tíðnidreifing arfgerðana þriggja í þorski veiddum í mars var 11, 17 og 0 og í maí á hrygningatíma 30, 47 og 6. Þegar skorað hlutfall arfgerðanna var borið saman við væntanlegt hlutfall samkvæmt Hardy-Weinberg lögmálinu kom í ljós að marktækt frávik á báðum tímapunktum, einnig þegar tímapunktarnir voru sameinaðir (p =0.02, 0.03 og 0.003). Niðurstöðurnar sýna að þorskstofnarnir í Eyjafirð í mars og maí eru í ójafnvægi, þar sem minna er af PanIAA og PanIBB arfgerðunum en viðbúið. Við raðgreiningu á PanI geninu í 6 fiskum (2 af hverri arfgerð) kom í ljós ný stökkbreyting í PanIA setröðinni auk sex annarra stökkbreytinga.

  • Útdráttur er á ensku

    I investigated polymorphisms in the pantophysin gene (PanI locus) in the Atlantic cod, (Gadus morhua), in Eyjafjörður, North-east Iceland at two time points, in March and May. Two alleles of the PanI locus, PanIA and PanIB are markers for two different subpopulations of the Atlanic cod. These PanI alleles have been characterized in cod in Icelandic waters as; coastal behavioral shallow-water cod with the genotype PanIAA, which almost exclusively lives above 200 m where water temperature is between 5 – 10°C and frontal behavioral deep-water cod with the genotype PanIBB that prefers to live between 200 – 400 m depth. The heterozygous PanIAB has shown both type of behaviors.
    Genotyping of the PanI locus was performed by utilizing a polymorphism in the DraI restriction site of the PanI gene after amplification with PCR. The three genotypes PanIAA, PanIAB og PanIBB scored in cod; in 28 fish caught at March 11th were 11, 17 and 0, and from the 83 fish caught May 11th, 2015 were 30, 47 and 6, respectively. Analysis of the data showed significant deviation from Hardy–Weinberg equilibrium from both timepoints and when combined (N=111) (p = 0.02, 0.03 og 0.003), which can be explained by lack of both homozygous genotypes, PanIAA and PanIBB. Finally I describe a novel SNP at the DraI restriction type on the PanIA haplotype in addition to 6 other SNPs detected in the 6 fishes (2 of each genotype) that were DNA sequenced.

Samþykkt: 
  • 6.6.2016
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/24992


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
KatlaHrundBjörnsdóttir_Bs_rafrænskil.pdf3.42 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna