Tegundagreining og skimun eftir þáttum úr seytikerfi III í nokkrum líklegum plöntusýklum af Pseudomonas ættkvísl

Abstract

In recent years, research on lichen bacteria has shown that within the lichen associated bacteria communities, there are many strains that display similarity to known plant pathogens. Amongst them are strains with high similarity to Pseudomonas syringae, which is one of the plant pathogens that have caused the most havoc amongst plants. It is an important question in ecology of plant pathogens whether lichens act as an passive infection carriers in nature. One factor in answering that question is to verify the similarity of isolated lichen associated bacteria to Pseudomonas syringae and whether they carry known virulence genes. To answer these questions, DNA was isolated from selected lichen-associated bacteria previously identified by 16s rDNA sequencing as belonging to the genus Pseudomonas, additional housekeeping genes were sequenced, and PCR was used to screen their genomes for known virulence genes of plant pathogens.Results show that 16 strains have virulence genes that express for the Type III secretion system, verifying the suspicion that lichens may carry plant pathogens. Two strains produced biosurfactant and only one strain created biofilm. However it was not possible to verify that the selected strains were the P. syringae bacteria. The JF2012 strain showed the best multiple alignment of several housekeeping genes to the species Pseudomonas decpetionenesis.Keywords: Pseudomonas syringae, Lichens, plant pathogen, PCR, Multiple alignment

Rannsóknir undanfarinna ára á fléttugerlum hafa leitt í ljós að margir þeirra líkjast plöntusýklum. Þar á meðal er Pseudomonas syringae, en hann er meðal þeirra plöntusýkla úr bakteríuríkinu sem hvað mestum usla hefur valdið. Það er því mikilvæg spurning í vistfræði plöntusýkla hvort fléttur geti þjónað sem óvirkir smitberar í náttúrunni. Einn liður í að svara þeirri spurningu er að athuga hvort fléttugerlar sem líkjast P. Syringae, tilheyri í raun þeirri tegund, og hvort þeir beri þekkt sóttburðargen (virulance genes).Í þessu verkefni er leitast við að svara þessum spurningum með því að einangra DNA úr völdum fléttugerlum af Pseudomonas ættkvísl, raðgreina nokkur gen til nánari tegundagreiningar, skima eftir nokkrum þekktum sóttburðargenum með PCR ásamt því að framkvæma margfalda samröðun með viðmiðunarröðum.Niðurstöður verkefnisins eru þær að 16 stofnar innihéldu sóttburðargen sem tjá fyrir seytikerfi III (Type III secretion system). Sem staðfestir þann grun að plöntusýkla sé að finna í fléttum. Tveir stofnar framleiddu lífræn yfirborðsvirk efni og aðeins einn stofn myndaði yfirborðsfilmu (biofilm). JF2012 stofninn sýndi bestu margföldu samröðunina með Pseudomonas decpetionensis tegundinni en ekki tókst að greinahvort valdir stofnar voru Pseudomonas syringae bakterían. Lykilorð: Pseudomonas syringae, fléttur, plöntu sýklar, PCR, margföld samröðun