en English is Íslenska

Thesis University of Iceland > Heilbrigðisvísindasvið > B.S. verkefni - Heilbrigðisvísindasvið >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1946/27570

Title: 
  • Title is in Icelandic Validating Genetic Associations of Asthma in The Consortium of Asthma among African-ancestry Populations in the Americas
Submitted: 
  • May 2017
Abstract: 
  • Introduction. Asthma is a chronic inflammatory disorder of the respiratory tract estimated to affect as many as 300 million people worldwide. Asthma comprises a range of phenotypes with the risk factors for each phenotype depending on both genetic and environmental factors as well as their interactions. Asthma affects people of all ethnic backgrounds but ethnic minorities, such as African Americans in the United States, are affected disproportionally. At present, it is not clear to what extent genetic variation contributes to these ethnic disparities. Genome-wide association studies (GWAS) have identified many risk variants relating to asthma but in these studies, populations of African ancestry have only been a small fraction of studied subjects. The Consortium on Asthma among African-ancestry Populations in the Americas (CAAPA) performed the largest meta-analysis of asthma GWAS in individuals of African ancestry to date. The study yielded a number of loci that may contribute to risk of asthma specifically in individuals of African ancestry. The aim of this study is to replicate the findings of the CAAPA Consortium in an independent European ancestry population, and thereby test the generalizability of associations in non-African ancestry populations.
    Materials and methods. The six single nucleotide polymorphisms (SNPs) that showed strongest association with asthma in the CAAPA study were selected for replication. Genotyping was performed in 633 European ancestry samples previously collected for The Collaborative Studies on the Genetics of Asthma (CSGA). DNA extraction was performed using an AutoGen FLEX STAR. Genotyping was performed using a TaqMan ABI 7900. Hardy Weinberg testing and tests for Mendelian inconsistencies were performed using PLINK. Genetic association was tested using the generalized estimating equations (GEE).
    Results. None of the six SNPs showed significant association with asthma in the replication population. However, the direction of effect for five of the six SNPs was the same as in the discovery sample.
    Discussion. The CSGA population was selected, partly, due to the availability of the samples for genotyping. As the individuals of African ancestry were not available for a replication study it was decided to replicate the findings of the CAAPA Consortium in the portion of the CSGA population that was of European ancestry. Replication of the CAAPA findings in a population of European ancestry was of interest for a number of reasons. The gender distribution and mean age of subject in the CSGA and CAAPA populations were similar. The LD patterns for the SNPs on chromosome 2 were different between the two populations. It is, however, unlikely that differing LD patterns contributed to the insignificant results of this study. Due to the fact that a significant portion of the CSGA subjects had incomplete phenotype data, the proportion of cases and controls is the least comparable factor between study populations. It is likely that the use of GEE as this studies analytical method, in a small sample population with such a large portion of missing phenotype data, contributed to the insignificant findings of the study. It is possible that some of the genotyped SNPs have no association with asthma in populations of European ancestry. This study alone can, however, not confirm this and the role of these SNPs in asthma in European populations requires further investigation.

  • Abstract is in Icelandic

    Inngangur: Astmi er langvinnur bólgusjúkdómur í öndunarfærum sem er talinn hrjá um 300 milljónir manna á heimsvísu. Svipgerðir astma eru margar og eru áhættuþættirnir fyrir hverja svipgerð háðir bæði erfðum og umhverfi, sem og samspili þessarra þátta. Astmi leggst á einstaklinga af öllum þjóðernum en minnihlutahópar, eins og einstaklingar af afrískum uppruna í Bandaríkjunum, eru meira útsettir fyrir sjúkdómnum og sýna verri sjúkdómsmynd. Ekki er vitað að hve miklu leyti erfðabreytileikar stuðla að þessum mun á sjúkdómsmynd milli mismunandi þjóðernishópa. Með notkun fylgnirannsókna sem ná til alls erfðamengisins hafa fundist fjöldi erfðabreytileika sem stuðla að aukinni áhættu á astma. Í þessum rannsóknum hafa hins vegar einstaklingar af afrískum uppruna aðeins verið lítill hluti rannsakaðra einstaklinga. The Consortium on Asthma among African-ancestry Populations in the Americas (CAAPA) framkvæmdi stærstu safnrannsókn á astma fylgnirannsóknum sem ná til alls erfðamengisins á meðal einstaklinga af afrískum uppruna frá upphafi. Með þessari rannsókn uppgötvuðust fjöldi erfðabreytileika sem hugsanlega stuðla að aukinni áhættu á astma, eingöngu í einstaklingum af afrískum uppruna. Markmið þessarar rannsóknar var að líkja eftir niðurstöðum CAAPA rannsóknarinnar í þýði af Evrópskum uppruna og þar með athuga alhæfingargildi þeirra niðurstaða í þýðum af öðrum en afrískum uppruna.
    Efniviður og aðferðir: Ákveðið var að rannsaka þá eins basapara breytileika sem sýndu sterkustu tengslin við astma í CAAPA rannsókninni með arfgerðargreiningu. Einangrun á DNA var framkvæmd með notkun AutoGen FLEX STAR. Arfgerðargreining var framkvæmd með TaqMan ABI 7900 aðferðinni. Hardy Weinberg próf og prófun fyrir Mendelísku misræmi voru framkvæmd með PLINK aðferðinni. Tölfræðigreining var framkvæmd með GEE aðferðinni.
    Niðurstöður: Eins basapara breytileikarnir sem voru prófaðir sýndu ekki tölfræðilega marktæk tengsl við astma í rannsóknarþýðinu. Niðurstöður fylgdu hins vegar sömu stefnu og niðurstöðurnar í upphaflegu CAAPA rannsókninni hjá fimm af sex rönnsökuðum eins basapara breytileikum.
    Alýktanir: CSGA rannsóknarþýðið var valið, að hluta til, vegna tiltæki sýnanna. Þar sem að ekki var í boði að nýta einstalinga af afrískum uppruna úr CSGA þýðinu í þessa rannsókn var ákeðið að rannsóknarþýðið skildi skipa af einstaklingum í CSGA þýðinu sem voru af evrópskum uppruna. Vert var að athuga niðurstöður CAAPA rannsóknarinnar í evrópsku þýði af nokkrum ástæðum. Kynjadreifing og meðalaldur einstaklinga í CSGA og CAAPA þýðunum var svipaður. Tengslaójafnvægi á milli eins basapara breytileikanna á litningi 2 var ólíkt í CSGA og CAAPA þýðunum. Það er hins vegar ólíklegt að mismunandi tengslaójafnvægi á milli þýðanna hafi stuðlað að ómarktækni niðurstaða þessarar rannsóknar. Þátturinn sem var minnst sambærilegur á milli CSGA og CAAPA þýðanna var hluftallið á milli tilfella og viðmiða. Þetta er vegna þess að upplýsingar um svipgerð vantaði fyrir hluta einstaklinga í CSGA þýðinu sem skekkti hluföll tilfella og viðmiða í því þýði. Það er líklegt að notkun GEE tölfræðigreiningar í þýði þar sem að mikið af upplýsingum um svipgerð vantaði hafi stuðlað að ómarktækni niðurstaða í þessari rannsókn. Það er hugsanlegt að einhverjir eins basapara breytileikanna sem voru prófaðir í þessari rannsókn hafi ekki tengsl við astma í evrópskum þýðum en til að staðfesta það er þörf á frekari rannsóknum.

Accepted: 
  • May 12, 2017
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/27570


Files in This Item:
Filename Size VisibilityDescriptionFormat 
HB.pdf76.96 kBLockedYfirlýsingPDF
Hrafnhildur_Bjarnadottir_Validating_Genetic_Associations_of_Asthma_in_The_Consortium_of_Asthma_among_African-ancestry_Populations_in_the_Americas.pdf2.45 MBOpenHeildartextiPDFView/Open