en English is Íslenska

Thesis University of Iceland > Heilbrigðisvísindasvið > Meistaraprófsritgerðir - Heilbrigðisvísindasvið >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1946/27629

Title: 
  • is Veiruskimun í íslenskum kvíalaxi og villtum laxi til fiskræktar. ISAV, PMCV og PRV
  • Screening for viruses in Atlantic salmon in Iceland. ISAV, PMCV and PRV
Keywords: 
Submitted: 
  • May 2017
Abstract: 
  • is

    Með auknu sjókvíaeldi við strendur Íslands, verður þörfin fyrir vitneskju um helstu sýkla sem algengir eru í laxi við Norður-Atlantshafið augljós. Markmið rannsóknarinnar sem skiptist í tvo verkhluta, var að skoða Atlantshaflax (Salmo Salar L.) af villtum uppruna og eldislax með tilliti til þriggja veira. Þær eru ISAV (infectious salmon anemia virus), PRV (piscine reovirus) og PMCV (piscine myocarditis virus).
    Í fyrri hlutanum, sem var varinn til diplómaprófs í lífeindafræði vorið 2016, voru bornar saman aðferðir við hreinsun á sýnum sem voru jákvæð fyrir ómeinvirka afbrigði ISAV veirunnar (ISAV-HPR0). Þetta voru 112 sýni sem safnast höfðu á árunum 2011-2015 í þjónusturannsóknum á fisksjúkdómadeild Keldna. Alls voru 79 ISAV-HPR0 sýni raðgreind og reyndust þau öll vera nákvæmlega eins. Diplómaritgerðina má nálgast í Skemmu: http://hdl.handle.net/1946/24684
    Í seinni verkhlutanum, til MS prófs, var skimað eftir veirunum þremur í 774 sýnum alls sem skiptust í þrjá hópa, þ.e. lax af villtum uppruna, hafbeitarlax og eldislax. Sýnum var safnað úr seiðum sem voru undan villtum klakfiski (úr 5 ám) og alin til sleppinga í sömu ár, tveimur hópum seiða sem alin voru til sleppinga í hafbeitarár og klaklaxi sem snéri aftur í sömu ár ári síðar. Í eldishópnum voru seiði skimuð áður en þau voru flutt í sjókvíar, síðan eftir 8-9 mánuði í sjó og að lokum við slátrun eftir 18-24 mánuði í sjó. Einn eldishópur fór á Vestfirði (Patreksfjörð) og annar á Austfirði (Berufjörð). Sýni voru tekin úr hjarta og nýra úr hverjum fiski og sett í RLT-buffer (RNeasy Mini kit, Quiagen). RNA var einangrað og sett í RT-qPCR veiru greiningu. Nokkur PRV jákvæð sýni úr hverjum hópi voru valin og greind áfram í RT-PCR fyrir PRV-S1 geni veirunnar. Sýni úr öllum jákvæðum hópum voru send í raðgreiningu (Genewiz®, UK).
    Öll sýnin voru neikvæð fyrir ISAV og PMCV, en PRV greindist í öllum hópum nema einum. Í hópi laxa af villtum uppruna var tíðni jákvæðra sýna á bilinu 0-95%, en í hópum hafbeitar og eldisuppruna var tíðnin frá 95-100%. Dreifing Ct gilda í RT-qPCR prófi var breytileg á milli hópa, sem endurspeglar mismikið veirumagn í sýnunum. Minnsta veirumagnið (há Ct gildi) var að finna í hópum villtra stofna.
    Niðurstöðurnar sýna að PRV er líklega að finna alls staðar í umhverfi Atlantshafslaxins á Íslandi. Svipaðar niðurstöður má sjá hjá öðrum laxeldisþjóðum. Áhugavert er að breytileika er að finna á milli villtra stofna, tengdum landfræðilegum uppruna þeirra. Raðgreiningar sýndu að íslensku PRV stofnarnir féllu í þrjá hópa. Sýni frá villtum stofnum raðast saman í tengslatré, úr hafbeitarfiski í annað og eldislaxinn í það þriðja. Samanburður við þekkta stofna frá Noregi, Kanada og Chile, sýnir að flokka má íslenska PRV stofna í genagerð Ia með stofnum frá Noregi og Kanada, en, Chile stofnarnir tilheyra genagerð Ib.

  • With increasing culture in net pens around Iceland, the need for information on the status regarding pathogens that are common in aquaculture around the North-Atlantic Ocean is obvious. The aim of the survey was to screen groups of wild and cultured Atlantic salmon for three viruses. These are infectious salmon anemia virus (ISAV), piscine myocarditis virus (PMCV) and piscine reovirus (PRV).
    The survey groups included juveniles and adult fish and were divided into three categories. The first category included juveniles that were released into the rivers where the broodfish had been caught. Returning broodfish were sampled the following year. In the second category there were juveniles, offspring of sea-ranching brood stocks that were released into two rivers and fish returning to that rivers the following year. In the last category there were cultured juveniles that were transferred to net pens in two different areas and sampled again after 8 and 18 months at sea. Heart and kidney samples from individual fish (N=774) were placed in RLT-buffer (RNeasy Mini kit, Qiagen). RNA was isolated and used for RT-qPCR virus assays. PRV positive samples were examined further using RT-PCR for the S1 gene. Samples from all groups were selected for sequencing.
    All samples tested were negative for PMCV and ISAV, but PRV was detected in all groups except one. In the wild fish category, PRV frequency ranged between 0-100%, while in the sea-ranching and cultured category it was 95-100%. The distribution of cycle threshold (Ct, RT-qPCR) values varied in the groups, representing variable levels of virus in the samples. The lowest levels of virus (high Ct) were observed in the wild fish.
    The results show that PRV is widespread in Atlantic salmon in Iceland. Similar observations have been reported in surveys elsewhere. Interestingly, there was a considerable difference between the wild salmon groups assayed and that may reflect differences between geographical areas. Forty PRV-S1 sequences obtained placed the Icelandic isolates in gene group Ia closest to PRV sequences published for Norwegian and Canadian isolates.

Accepted: 
  • May 19, 2017
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/27629


Files in This Item:
Filename Size VisibilityDescriptionFormat 
MS_Lífeindafr_HarpaMjöllGunnarsdóttir_Maí2017.pdf3.8 MBLocked Until...2018/04/30HeildartextiPDF
skemma_yfirlysing.pdf310.69 kBLockedYfirlýsingPDF