is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár) Háskólinn á Akureyri > Viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/27837

Titill: 
  • Greining á örverusamfélagi úr jarðvegssýnum á ExoMars-HABIT prufusvæðinu í Nýjadal við Tungnafellsjökul og Fjórðungsvatn : greining á örverusamfélögum með QIIME og PICRUSt
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Sumarið 2016 voru sýni tekin af hálendi úr jarðvegi sem líkir eftir yfirborði Mars við Nýjadal og Fjórðungsvatn. Úr sýnunum var dregið erfðaefni sem síðar var raðgreint með Illumina Miseq paired end raðgreiningu, með það markmið að greina tegundaröðun og fjölbreytni örverusamfélaga á hálendi Íslands og reyna að draga ályktun um hvaða efnaskiptaferill sé mest lýsandi fyrir örverusamfélög sem fundust á hálendissvæðinu og á prufustað HABIT tækjasamstæðunnar. Greining var gerð úr söfnum (e.libraries) MiSeq raðgagna, nánar tiltekið var unnið með raðgreiningargögn úr v3-v4 svæðum 16s gensins. Við úrvinnslu gagna var notast við QIIME, sem stendur fyrir Quantitative Insights Into Microbial Ecology, til að greina þekju, (e.coverage) tegundarröðun og alpha breytileiki út frá erfðaefni sem dregið var úr sýnunum. Einnig var notast við PICRUSt til að tengja hina ýmsu efnaskiptaferla við örverusamfélögin. Að lokum voru dregnar ályktanir um hvaða efnaskiptaferlar væru ráðandi í örverusamfélögum sem fundust í sýnum og tegundaröðun þeirra borin saman við örverur sem þegar höfðu verið einangraðar úr sömu sýnum, en niðurstöður bentu til þess að alfa fjölbreytileikinn væri meiri í sýninu við Fjórðungsvatn, einnig sem Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria og Cyanobacteria væru mest áberandi fylkingar í báðum sýnum. Proteobacteria fylkingin var sérstaklega skoðuð og kom í ljós að í báðum sýnum var Boesa ættkvíslin áberandi. Með keyrslu í PICRUSt var þess svo freistað að spá fyrir um hvaða efnaskiptaferlar væru ráðandi í örverusamfélögunum og niðurstöður bentu til própanóat- og bútanat efnaskiptaferla.

  • Útdráttur er á ensku

    In the summer of 2016 soil samples where collected from Nýjidalur and Fjórðungsvatn in the highlands of Iceland, that in some degree resemble the Mars surface as the site was a part of the ExoMars HABIT project. DNA was isolated from the soil samples and sequenced using next generation high throughput Illumina MiSeq paired end sequencing, using 16s amplicon genetic material form variable regions v3-v4. This was done with a specific goal in mind, to determine the taxonomic composition and diversity using open source programs like QIIME. The abundance of different metabolic pathways in the microbial community found in
    Nýjidalur and Fjórðungsvatn was predicted using another open source program called PICRUSt. By using open source programs it reduces the cost of analysing soil samples, as open source programs are free and also by cutting the need to grow samples in a lab, that can be expensive and difficult. QIIME results where then compared to strains of microbs already isolated from the sample sites using conventional methods. The results from QIIME showed that the most abundant genus of microbes found in both samples was Boesa and the most distinctive metabolism pathways where propanoate and butanoate metabolism.

Samþykkt: 
  • 6.6.2017
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/27837


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Bs Lokaritgerð.pdf1.76 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna