is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskóli Íslands > Heilbrigðisvísindasvið > B.S. verkefni - Heilbrigðisvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/33098

Titill: 
  • Titill er á ensku Rare genetic variants affecting platelet count: Results from a genome-wide association study
  • Sjaldgæfir erfðabreytileikar sem hafa áhrif á blóðflagnafjölda: Niðurstöður úr víðtækri erfðamengisleit
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Útdráttur er á ensku

    Introduction
    Platelets are anuclear blood cells formed in the bone marrow. In the bloodstream, their primary functions are involvement in hemostasis and immunity. Abnormal platelet count (PLT) is a potential indication of pathological disequilibrium in thrombopoiesis or platelet survival, which can lead to thrombosis or excessive bleeding. Furthermore, epidemiological studies have associated altered PLT with mortality, cardiovascular disease and malignancies. Various factors determine PLT, although genetic factors are thought to be of major importance. In recent years, extremely rare causative genetic variants have been discovered in family studies of inherited platelet disorders. Genome-wide association studies (GWAS) have also identified multiple genetic variants associatied with PLT. However, there is still lack of studies that systematically assess contribution of rare variants with large effects in determination of various traits, including PLT. The purpose of this study is to search for rare genetic variants that affect platelet count and observe their frequencies in other populations.
    Materials and methods
    The data used in this study consist of 32,637,387 genetic variants identified through whole-genome sequencing of 28,075 individuals and imputation into 155,250 chip-typed individuals (direct imputation) as well as their 285,664 untyped 1st and 2nd degree relatives (familial imputation). Collectively, 440,914 individuals are included in the study cohort. PLT measurements were extracted from three of the largest clinical laboratories in Iceland: i) Landspítali University Hospital of Iceland (LSH), (ii) Akureyri Regional Hospital and (iii) Icelandic Medical Center Laboratory in Mjódd. Data processing was conducted using software developed at deCODE genetics.
    Results and discussion
    14 novel variants were identified in this study. All of them have a minor allele frequency (MAF) under 1% and are associated with large effects on PLT. The variants are dispersed over 11 loci, of which 10 have previously been implicated in human platelet biology. STK3, the remaining locus, is novel. Further research is needed to elucidate the mechanisms by which these variants affect platelet biology and whether they are associated with other phenotypes.
    .

  • Inngangur
    Blóðflögur eru kjarnalausar blóðfrumur sem myndast í beinmerg, þaðan sem þær flytjast út í blóðrás og taka m.a. þátt í blæðingarstöðvun og ónæmissvörun. Afbrigðilegt blóðflagnatal (e. platelet count) getur verið merki um alvarleg blóðmein og haft afdrifaríkar heilsufarslegar afleiðingar á formi aukinnar blóðsegahættu eða óhóflegrar blæðingar. Faraldsfræðirannsóknir hafa enn fremur sýnt fram á tengsl milli frávika í blóðflagnafjölda og ótímabærs andláts, hjarta- & æðasjúkdóma, krabbameins o.fl. Ýmsir þættir móta blóðflagnafjölda, en erfðir eru taldar vega þungt í því samhengi. Síðustu áratugi hafa fjölskyldurannsóknir stuðlað að uppgötvunum mjög sjaldgæfra erfðabreytileika og gena sem orsaka mendelska blóðflagnasjúkdóma. Með víðtækum erfðamengisleitum hafa jafnframt uppgötvast fjöldamörg tengsl milli erfðabreytileika og blóðflagnafjölda. Þrátt fyrir þetta er nær algjör skortur á rannsóknum sem varpa kerfisbundið ljósi á framlag sjaldgæfra erfðabreytileika í mótun blóðflagnafjölda, en þeir eru að eðlisfari líklegri til að valda djúpstæðum áhrifum heldur en þeir algengari. Markmið rannsóknarinnar er því að leita að sjaldgæfum erfðabreytileikum sem hafa áhrif á blóðflagnafjölda og skoða tíðni þeirra erlendis.
    Efni og aðferðir
    Gögn þessarar rannsóknar samanstanda af 32.637.387 erfðabreytileikum sem fengust með heilerfðamengisraðgreiningu 28.075 einstaklinga, örflögugreiningu 155,250 einstaklinga og tilreiknaðri arfgerð 285,664 skyldra einstaklinga þeirra í fyrsta eða annan ættlið. Svipgerðargögn eru fengin úr sameiginlegum gagnagrunni stærstu heilbrigðisstofnana landsins, þ.m.t. Landspítala, Sjúkrahúsi Akureyrar og Rannsóknarstofunnar í Mjódd. Gagnaúrvinnsla fór fram með hugbúnaði sem þróaður var innan Íslenskrar erfðagreiningar.
    Niðurstöður og ályktanir
    14 nýir erfðabreytileikar með tíðni undir 1% og með marktæk áhrif á blóðflagnafjölda fundust í þessari leit. Í heildina dreifast þeir yfir 11 svæði í erfðamenginu, en á 10 af þeim eru gen með þekkt hlutverk í blóðflögum. Einn erfðabreytileikanna er í STK3, geni sem ekki hefur verið tengt við blóðflagnasvipgerðir eða -sjúkdóma áður. Frekari rannsókna er þörf til að varpa ljósi á það hvernig þessir erfðabreytileikar hafa áhrif á lífeðlisfræði blóðflagna og hvort þeir tengist öðrum svipgerðum.

Samþykkt: 
  • 17.5.2019
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/33098


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Yfirlýsing 17052019.pdf394.46 kBLokaðurYfirlýsingPDF
Rare genetic variants affecting platelet count.pdf6.94 MBLokaður til...07.09.2021HeildartextiPDF