Greining á E. coli stofnum úr sauðfé

Abstract

E. coli sýkingar í sauðfé eru yfirleitt tækifærissýkingar, þar sem þessar bakteríur finnast í þörmum og umhverfi. Reglulega kemur sauðfé til krufningar á Keldur þar sem E. coli ræktast úr líffærum en reynst getur erfitt að túlka þátt E. coli. Með PCR aðferð er hægt að skipta E. coli í ólíka þróunarferilshópa A, B1, B2, C, D, E eða F, og Escherichia í þróunargreinar I - V. Markmið verkefnisins var að greina 140 stofna úr sauðfé frá árinu 2006. Stofnunum var skipt upp í fjóra aldurhópa (fóstur, lamb, haustlamb og fullorðið) og þrjá flokka eftir sjúkdómseinkennum (sjúkdómsvaldandi, fylgisýking og ótengt sjúkdómnum). Jafnframt var sýklalyfjaónæmi skoðað. PCR greining leiddi í ljós að langflestir stofnarnir tilheyrðu þróunarferilshópi B1 og þar á eftir þróunarferilshópi C. Enginn stofn flokkaðist í þróunarferilshóp E eða F. Þróunarferilshópur C var oftast sjúkdómsvaldandi og hópur D var oftast í flokknum fylgisýkingar. Stofnar úr fóstrum voru mest flokkaðir í þróunarferilshópa B1 og D, en stofnar úr fullorðnu fé tilheyrðu yfirleitt þróunarferilshóp B1 eða C. Margir stofnar úr haustlömbum flokkuðust í grein V Escherichia og þróunarferilshóp B2. Ekki var mikill munur á samsetningu stofna í fé eldra og yngra en þriggja mánaða. Um 80 stofnar reyndust ónæmir fyrir einu eða fleiri sýklalyfjum og um helmingur stofnanna ónæmur fyrir penicillinlyfinu ampicillin. Þessar niðurstöður munu nýtast í þjónustu og ráðgjöf varðandi E. coli sýkingar í framtíðinni.

E. coli infections in sheep are often opportunistic infections, as these bacteria are found in the intestines and environment. Sheep are regularly autopsied at Keldur, where E. coli is grown from organs, but it can be difficult to interpret the role of the E. coli. Using a PCR method, E. coli can be divided into different phylogroups A, B1, B2, C, D, E or F, and into developmental traits I – V Escherichia. The goal of the project was to analyse 140 strains from sheep from the year 2006. The strains were divided into four age groups (fetus, lamb, autumn lamb and adult) and three categories according to disease symptoms (pathogenic, co-infection and unrelated to the disease). Antibiotic resistance was examined.PCR analysis revealed that most of the strains belong to phylogroup B1 and then to phylogroup C. No group was classified in phylogroups E or F. Phylogroup C was most often pathogenic and group D was most often in the category of co-infection. Fetal strains were most classified in phylogroups B1 and D, while adult strains belonged to phylogroup B1 or C. Many strains from autumn lambs were classified in trait V Escherichia and phylogroup B2. Strain composition was similar in sheep both older and younger than three months of age. About 80 strains were resistant to one or more antibiotics and about half of the strains were resistant to the penicillin drug ampicillin.These findings will be useful in future services and counseling regarding to E. coli infection.