SARS-CoV-2 á Norður- og Austurlandi: Samanburður á tveimur kjarnsýrumögnunaraðferðum og túlkun varðandi algengi mismunandi afbrigða veirunnar

Abstract

Inngangur: Covid-19 faraldurinn af völdum veiru að nafni SARS-CoV-2 hefur gert vart við sig um allan heim með alvarlegum afleiðingum. Veiran hefur gengist undir fjölmargar stökkbreytingar frá því hún sýkti fyrst og nokkur afbrigði af henni orðið til í kjölfarið. Hún er greind með kjarnsýrumögnun (PCR) en það er mjög nákvæm aðferð til mögnunar og greiningar á ákveðnum basaröðum í erfðamengi og lykilaðferð til greiningar á SARS-CoV-2. Markmið rannsóknarinnar var að bera saman tvenns konar PCR aðferðir, Taq Path og CoviDetect FAST, til greiningar á SARS-CoV-2 úr öndunarfærarsýnum sem bárust á rannsóknardeild Sjúkrahússins á Akureyri (SAk) og meta hvor aðferðin sé hentugri. Einnig var kannað hvaða afbrigði veirunnar var ríkjandi í byrjun árs 2022 af sýnum sem bárust á rannsóknardeild SAk.Efni og aðferðir: Notast var við sýni sem bárust á rannsóknardeild SAk á tímabilinu 1. febrúar - 31. mars 2022, bæði jákvæð og neikvæð til samanburðar á tvenns konar PCR aðferðum, Taq Path og CoviDetect FAST. Sýnin voru 125 talsins, þar sem 75 jákvæð sýni voru flokkuð í þrjú bil eftir Ct gildum. Öll sýni voru einangruð fyrir PCR keyrslu í Base Purifier. Fyrir seinni rannsóknina voru Omicron afbrigði SARS-CoV-2 borin saman þar sem upplýsingar fengust úr tölvukerfinu GLIMS frá tímabilinu 1. janúar - 28. febrúar 2022, 10.004 sýni. Öll úrvinnsla og útreikningar fóru fram í Microsoft Excel.Niðurstöður: Samanburður á aðferðunum Taq Path og CoviDetect FAST sýndu sambærilegar niðurstöður á meðaltali Ct gilda beggja aðferða á öllum þremur bilunum sem valin voru fyrir jákvæðu sýnin (<25, 25-32 og >32). Undirbúnings- og svartími aðferðanna var skemmri í CoviDetect FAST og sú aðferð einnig ódýrari til innkaups. Ekkert af neikvæðu sýnunum svöruðu target genum aðferðanna fyrir SARS-CoV-2. Niðurstöður á samanburði SARS-CoV-2 afbrigða í janúar og febrúar 2022 leiddu í ljós að lítinn mun mátti sjá á Omicron 1 afbrigði milli mánaða en Omicron 2 rauk upp úr öllu valdi milli mánaða, frá 415 sýnum upp í 6072 sýni. Ályktanir: Af niðurstöðum samanburðar á PCR aðferðum má álykta að CoviDetect FAST aðferð sé hentugri til notkunar á rannsóknardeild SAk (þar sem engan marktækan mun mátti sjá á svörun niðurstaðna) því hún er bæði ódýrari og fljótlegri. Niðurstöður samanburðar á Omicron afbrigðum staðfestu hve Omicron 2 er smitandi þar sem það tók fljótt og örugglega yfir faraldurinn í byrjun árs 2022 á Norður- og Austurlandi, en afbrigðið var orðið allsráðandi í febrúar 2022 sem er í samræmi við önnur lönd.