en English is Íslenska

Thesis (Bachelor's)

University of Iceland > Verkfræði- og náttúruvísindasvið > B.S. verkefni - Verkfræði- og náttúruvísindasvið >

Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/1946/41407

Title: 
  • Expression and purification of pioneer transcription factor FoxA1. Optimization of methods for production of FoxA1 to minimize product breakdown
Degree: 
  • Bachelor's
Abstract: 
  • DNA in eukaryotes is woven into a complex structure in the nucleus called chromatin. The structure of chromatin can be varied to selectively block or allow transcription of genes to change the expression profile of cells, differentiating them into cell types. FoxA1 is a pioneer transcription factor that can bind to condensed chromatin and open its structure to initiate transcription of hepatocyte specific genes. Opening of condensed chromatin by FoxA1 is facilitated by intrinsically disordered regions on its N- and C-termini which likely displace linker histone H1 by competing for binding to the nucleosome. FoxA1 is a biomarker in cancers and mutations in its DNA binding domain (DBD) are correlated with oncogenesis in breast- and prostate cancer. Illuminating the mechanism by which FoxA1 interacts with the nucleosome and how mutations can affect its function is crucial to the development of treatments for breast- and prostate cancer.
    Dynamics of intrinsically disordered regions and nucleosomes can be measured using single molecule Förster resonance energy transfer (smFRET) which can detect movements in proteins that happen on the picosecond timescale. Protein samples for smFRET experiments must be extremely pure and free from any contaminants, especially breakdown products of the protein being measured. FoxA1 has been produced using a standard protocol for expression in E. coli which results in significant breakdown of the product by proteases. In this project, the effects of alternative expression methods on proteolytic breakdown of FoxA1 were determined. Analysis of products from expression by SDS-PAGE revealed that addition of rifampicin resulted in considerable decrease in breakdown of FoxA1.

  • Abstract is in Icelandic

    DNA í heikjörnungum er vafið inn í flókinn strúktúr í kjarrnanum sem kallast litni. Byggingu litnis er hægt að breyta til að loka á eða opna fyrir tjáningu gena svo hægt sé að breyta einkenni frumunar. FoxA1 er frumkvöðlaumritunarþáttur sem getur bundist við þéttpakkað litni og opnað fyrir tjáningu á genum sem einkenna lifrina. Opnun á þéttpökkuðu litni af völdum FoxA1 er möguleg vegan óreiðukenndra svæða á N- og C- endum próteinsins sem líklega losa histón H1 af litnisögninni með því að keppast um binding við bindiset þess. FoxA1 er lífmerki í krabbameinum og eru stökkbreytingar í DNA bindisvæði þess tengdar við myndun blöðruhálskirtils- og brjóstakrabbameina. Aukin þekking á því hvernig FoxA1 víxlverkar við litnisagnir og hvernig stökkbreytingar hafa áhrif á það er lykilþáttur í hönnun meðferða við blöðruhálskirtils- og brjóstakrabbameini.
    Hegðun óreiðukenndu svæðanna í FoxA1 þegar þau víxlverka við litnisagnir er hægt að mæla með einsameinda Förster ómorkuflutningi (smFRET) sem getur numið hreyfingar í próteinum með upplausn uppá píkósekúndur. Próteinsýni verða að vera virkilega hrein til mælinga með smFRET og þá sérstaklega laus við einhverskonar niðurbrotsafurðir próteinsins sem á að mæla. FoxA1 hefur verið framleitt með nokkuð hefðbundinni aðferð við tjáningu í E. coli en notkun þessarar aðferðar gefur afurð sem inniheldur mikið af niðurbrotnu FoxA1. Í þessu verkefni voru áhrif mismunandi aðferða við tjáningu í E. coli á niðurbrot FoxA1 ákvörðuð. Greining próteinsýna með SDS-PAGE sýndi að viðbót rifampicin í æti við tjáningu FoxA1 minnkaði niðurbrot í lokaafurð umtalsvert.

Accepted: 
  • May 31, 2022
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/41407


Files in This Item:
Filename Size VisibilityDescriptionFormat 
Expression and purification of FoxA1.pdf10.1 MBLocked Until...2023/01/01Complete TextPDF
yfirlýsing.pdf448.07 kBLockedDeclaration of AccessPDF