is Íslenska en English

Lokaverkefni (Meistara)

Háskóli Íslands > Heilbrigðisvísindasvið > Meistaraprófsritgerðir - Heilbrigðisvísindasvið >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/41450

Titill: 
  • Titill er á ensku Comparison of methicillin resistant Staphylococcus aureus screening methods and their possible utilization for Staphylococcus capitis screening
  • Samanburður á skimunaraðferðum fyrir methicillin ónæmum Staphylococcus aureus og möguleg hagnýting þeirra við Staphylococcus capitis leit
Námsstig: 
  • Meistara
Útdráttur: 
  • Útdráttur er á ensku

    Staphylococcus aureus is a clinically important and adaptable pathogen. It is a Gram-positive, coagulase positive coccus with a wide array of virulence factors. Methicillin resistant S. aureus(MRSA) has been endemic in the hospital setting for decades, with increasing spread into the community worldwide. Staphylococcus argenteus is closely related to S. aureus and is a member of the S. aureus complex. It can be misidentified as the other species. Methicillin resistant strains behave like MRSA and are generally treated as such. Staphylococcus capitis is a coagulase negative staphylococcus, and a part of the commensal skin flora. A recently identified clone, NRCS-A, is found worldwide in Neonatal Intensive Care Units and causes invasive infections in neonates. It is a multidrug resistant clone, which shows heteroresistance to vancomycin, creating difficulties when treating infections in neonates. A broth enhancement step followed by culturing on selective agar plates is standard process for MRSA screening. Conventional culture media for MRSA include, amongst many others, Blood Agar and Oxacillin Resistant S. aureus Agar Base (ORSA). Chromogenic media saves time and resources in confirmatory testing by presenting a distinct colour when the desired species is present. Examples of these media are CHROMagar and Brilliance MRSA II agar. Molecular testing methods for identification and surveillance of MRSA strains include polymerase chain reaction (PCR), loop mediated isothermal amplification (LAMP), multi-locus sequence typing (MLST) and whole genome sequencing (WGS). The aim of this project was to analyse all stages of MRSA and S. capitis screening and compare different methods to optimize screening for these pathogens at the Department of Clinical Microbiology at Landspitali.
    Four methods were evaluated for MRSA screening, including conventional and chromogenic media. (Contrast broth + Brilliance II MRSA agar, in-house broth + CHROMagar, in-house broth + ORSA + BA) The same media (Brilliance II MRSA, CHROMagar and ORSA) were evaluated for S. capitis screening. Different enhancement broths were evaluated, paired with both conventional (ORSA) and chromogenic media (CHROMagar). The same methods were evaluated for S. capitis screening. Salt tolerance of all three staphylococcal species was evaluated. Strains from 2020-2022 were spa typed. BD Max (PCR) results from 2015-2021 were analysed and compared with the spa type databank at the Department. Results showed that all the methods were effective for MRSA screening with some variances in performance. Contrast MRSA broth + Brilliance II MRSA agar and Tryptone Soy Broth + CHROMagar performed better than other tested methods with specificity of 98.1% and 99.1% and sensitivity of
    95.5% and 100%, respectively. The only method performing considerably worse than other methods was directly inoculating ORSA agar. Due to cost, inconsistencies with shipping and other inconveniences, Contrast MRSA + Brilliance II MRSA agar are not realistic options in Iceland. S. capitis screening can be performed with either ORSA or CHROMagar, but Brilliance II MRSA requires a 5-day incubation. The enhancement broths did not affect S. capitis screening. A few samples were negative in the BD Max screening but were positive when cultured. The spa type identified in all these samples was t127, which is associated with ST1 and CC1. It is a relatively common spa type in Iceland.The method most suitable for the MRSA screening was TSB + CHROMagar. The S. capitis screening can be performed with either ORSA or CHROMagar, reading after 1 or 2 days of incubation. Some measures must be taken to compensate for the increase in strains that avoid detection with BD Max.

  • Staphylococcus aureus er klínískt mikilvægur og fjölhæfur sýkingavaldur. Hann er Gram-jákvæður, kóagúlasa jákvæður kokkur með fjölbreytta meinvirkniþætti. Methicillín ónæmur S. aureus (MÓSA) hefur verið viðloðandi á heilbrigðisstofnunum áratugum saman og hefur í auknum mæli færst yfir í samfélagið um allan heim. Staphylococcus argenteus er tegund sem er náskyld S. aureus og tilheyrir S. aureus complex. Oft er hún misgreind sem S. aureus. Methicillín ónæmir stofnar af S. argenteus haga sér nánarst alveg eins og MÓSA og eru almennt meðhöndlaðir sem slíkir. Staphylococcus capitis er kóagúlasa neikvæður staphylokokkur, sem talinn er eðlileg flóra á húð. Nýr klónn, NRCS-A, sem fannst nýlega hefur verið tengdur við sýkingar í börnum á vökudeildum um allan heim. Hann er fjölónæmur, og hefur misnæmi fyrir vancomycini, sem gerir meðhöndlun sýkinga í nýburum erfiðari. Algeng aðferð við að skima fyrir MÓSA er vaxtarhvetjandi broð fylgt eftir með valæti. Af hefðbundnu æti fyrir MÓSA má nefna blóðagar og Oxacillin Resistant S. aureus Agar Base (ORSA). Krómógenískt æti sparar tíma og kostnað við staðfestingarpróf þar sem sérstakur litur myndast á ætinu ef rétta tegundin er til staðar. Dæmi um krómógenískt æti er CHROMagar og Brilliance II MRSA agar. Sameindaerfðafræðilegar aðferðir sem notaðar eru við greiningu og eftirlit með MÓSA stofnum eru m.a. PCR (polymerase chain reaction), LAMP (loop-mediated isothermal amplification), MLST(multi-locus sequence typing), og heilraðgreining. Markmiðið í þessu verkefni var að meta öll ferli MÓSA skimunar og S. capitis skimunar, bera saman mismunandi aðferðir og finna hentugustu aðferðina fyrir Sýkla- og veirufræðideild Landspítalans (SVEID). Fjórar aðferðir voru prófaðar fyrir MÓSA skimunina, bæði með hefðbundnu og krómógenísku æti. (Contrast broð + Brilliance II MRSA agar, núverandi broð + CHROMagar, núverandi broð + ORSA + blóðagar og bein sáning á ORSA). Sömu æti (Brilliance II MRSA agar, CHROMagar og ORSA) voru metin fyrir S. capitis skimun. Mismunandi vaxtarhvetjandi broð voru metin, pöruð við bæði hefðbundið (ORSA) og krómógenískt æti (CHROMagar). Sömu aðferðir voru metnar fyrir S. capitis skimun. Salt næmi tegundanna þriggja var metið. Stofnar frá 2020-2022 voru greindir í spa týpur. BD Max (PCR) niðurstöður frá 2015-2021 voru greindar og bornar saman við spa týpu gagnasafn SVEID. Niðurstöður sýndu að allar aðferðirnar voru árangursríkar í að skima fyrir MÓSA og lítill munur milli aðferða. Contrast broð + Brilliance II MRSA agar og Tryptone Soy broð + CHROMagar sýndu bestu niðurstöðurnar með sértæki 98.1% og 99.1% og næmi 95.5% og 100%. Eina aðferðin sem var marktækt verri en hinar var að sá beint á ORSA agar. Vegna kostnaðar, vandræða með flutninga og annarra þátta er Contrast MRSA broð og Brillianca II MRSA agar ekki raunhæft val fyrir Ísland. S. capitis skimunina má framkvæma með bæði ORSA og CHROMagar, en Brilliance II MRSA þarf 5 daga til að virka sem skyldi. Vaxtarhvetjandi broðin höfðu ekki áhrif á S. capitis skimun. Nokkur sýni voru neikvæð í BD Max en voru jákvæð fyrir MÓSA í ræktun. Allir stofnar úr sýnum sem voru neikvæð í BD Max voru af spa týpu t127, sem er tengd raðgerð 1 (ST1) og klónalkomplex 1(CC1). Þetta er nokkuð algeng spa týpa á Íslandi. Aðferðin sem kom best út fyrir MÓSA skimunina var TSB + CHROMagar. S. capitis skimunina má framkvæma með annað hvort ORSA eða CHROMagar, aflestur eftir 1 eða 2 daga í hitaskáp.
    Einhverjar ráðstafanir þarf að gera í samræmi við aukinn fjölda stofna sem komast undan hraðgreiningu með BD Max.

Samþykkt: 
  • 1.6.2022
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/41450


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Meistaraverkefni_SSA_prent.pdf1.55 MBLokaður til...10.05.2023HeildartextiPDF
yfirlysing-ssa.pdf570 kBLokaðurYfirlýsingPDF