Analyses of the Effects of the RHOX Transcription Factors in Embryonic Stem Cells and Comparison to Primordial Germ Cell Transcriptional Profiles

Abstract

The Reproductive homeobox x-linked (Rhox) gene cluster in mice is a rapidly evolving family of genes that encode transcription factors expressed predominately in the reproductive tissues. Their role, both in a reproductive context and more broadly, is poorly understood. To study the function of Rhox4a, -5, -6, -7, and -9 more closely, the genes had been overexpressed in embryonic stem cells. This thesis focused on the analysis of RNA-seq data derived from these samples to identify differentially expressed genes and enrichment of biological pathways among them. Genesets derived from published data on primordial germ cells were generated and used for gene enrichment analysis to see if the Rhox genes could be driving gene expression changes in primordial germ cell progression. In brief, this work affirms the important role of the Rhox genes in early mouse embryonic development by proposing some of their functions. A full abstract will be available upon public release of the thesis.

Genaþyrpingin Reproductive Homeobox X-linked tilheyrir fjölskyldu gena sem eru í hraðri þróun. Þau skrá fyrir umritunarþáttum sem eru aðallega tjáðir í kímlínu og vefjum æxlunarfæra. Hlutverk þeirra, bæði í æxlun og breiðara samhengi er lítt þekkt. Til að rannsaka virkni Rhox4a, -5, -6, -7 og -9 nánar höfðu genin verið yfirtjáð í stofnfrumum úr fósturvísum. Þetta verkefni gekk út á að greina RNA-raðgreiningargögn úr þeim sýnum, með það að markmiði að bera kennsl á misjáð gen og líffræðilega ferla sem þau taka þátt í. Önnur greining á birtum gögnum úr frumkímfrumum gerði kleift skilgreiningu nýrra genasetta sem voru notuð í frekari auðgunargreiningar. Niðurstöður þeirra benda til að Rhox genin gætu stuðlað að genatjáningu sem tengist þroska frumkímfruma. Í heildina benda niðurstöðurnar til mikilvægs hlutverks Rhox genanna í snemmþroska fósturvísa músa og benda og afhjúpa að hluta virkni þeirra. Útdráttur í fullri lengd verður til reiðu þegar ritgerðin verður birt opinberlega.