is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskólinn á Akureyri > Viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: https://hdl.handle.net/1946/41794

Titill: 
  • Titill er á ensku Mitochondrial genome assembly of horned grebe (Podiceps auritus)
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Útdráttur er á ensku

    For the past few decades, the mitochondrial genome has proved to be an underlying tool for phylogenetic studies. Combination of high mutation rate and selection of conserved genes, makes the mitochondrial DNA a superb genetic marker. Additionally, the mitochondrial genome is small in size, making it ideal for Sanger and whole genome sequencing (WGS). In this study, I assembled the mitochondrial genome for horned grebe (Podiceps auritus) from BGI 10X chromium long reads and Illumina short reads resequencing library. This will be the first complete mitochondrial genome assembly of the species, with results having beneficial implications for future phylogenetic and mitogenome studies. I have assembled and annotated majority of the mitogenome with the size of 16,745 bp. Genome annotations results displayed a total of 38 genes, with 22 tRNA genes, 14 protein encoding genes, and 2 rRNA genes. The ND3 gene was split by a frameshift mutation which has been widely reported in birds. Drawbacks were met with the discovery of certain gene duplications in the mitochondrial genome. PCR amplifications with specifically designed primers confirmed the presence of the gene duplication. The amplicon product of the duplicated gene region proved to be 5 kb in size indicating that the complete mitochondrial genome is bigger than previously anticipated, or approximately 19,000 – 20,000 bp. Specific primers have been designed for the identifications of the duplicated region with the study still ongoing. Future goals will be to complete the mitochondrial genome for Podiceps auritus with the aim of publication in an internationally peer-reviewed scientific journal.

  • Undanfarna áratugi hafa gen hvatberaerfðamengja reynst góður efniviður í flokkun og rannsóknum á þróun tegunda. Há stökkbreytingartíðni og vel varðveitt gen eru meðal margra ástæðna af hverju hvatberar eru notaðir til að greina fjölbreytileika á milli tegunda. Auk þess, þá er erfðamengi hvatbera oftast lítil í stærð sem gerir hvatberaerfðamengi tilvalin fyrir Sanger og heil erfðamengja raðgreiningu (WGS). Í eftirfarandi rannsókn notaði ég langar BGI 10X chromium lesraðir og stuttar Illumina lesraðir úr endurraðgreiningu til þess að setja saman hvatberaerfðamengi flórgoðans (Podiceps auritus). Þetta verður í fyrsta skipti sem hvatberaerfðamengi verður sett saman fyrir tegundina og munu niðurstöður reynast gagnlegar fyrir framtíðar erfðamengjarannsóknir. Fyrstu drög af samsetningu hvatberaerfðamengis sýndu 16,745 bp stærð, og var genagreining framkvæmd í samræmi við það. Fundin voru 38 gen í genagreiningu, af þeim voru 22 tRNA gen, 14 próteinkóðandi gen, og 2 rRNA gen. ND3 genið var skipt í tvennt vegna „frameshift“ stökkbreytingu sem hefur verið greint frá í öðrum fugla tegundum. Erfiðleikar komu upp þar sem það reyndist vera tvöföldun í ákveðnum genaröðum í hvatberaerfðamenginu. PCR mögnun með sérhönnuðum prímerum og stærðarákvörðun á afurðum þeirra staðfestu tvöföldun gena svæða. Þessi tvöföldun var 5 kb að stærð og því má álykta að hvatberaerfðamengi flórgoðans sé stærra en áætlað var, eða í kringum 19,000 - 20,000 bp. Sérstakir prímerar hafa nú þegar verið hannaðir til þess að raðgreina svæði gena tvöföldunar og er rannsókn ennþá í gangi. Framtíðarskref munu nota frekari PCR mögnun og raðgreiningu til þess að endurskapa erfðamengi hvatberans fyrir birtingu í alþjóðlegu ritrýndu tímariti.

Athugasemdir: 
  • Ritgerðin er lokuð til 11.04.2023
Samþykkt: 
  • 13.6.2022
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/41794


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Lokaverkefni-AMÞ.pdf1.63 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna
Efnisyfirlit-AMÞ.pdf208.29 kBOpinnEfnisyfirlitPDFSkoða/Opna
Heimildaskrá-AMÞ.pdf124.66 kBOpinnHeimildaskráPDFSkoða/Opna