is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskólinn á Akureyri > Heilbrigðis-, viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/45059

Titill: 
  • Erfðamengi Roseomonas : hefur ólíkt umhverfi áhrif á mismunandi seytikerfi fyrir lífýruefni?
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Með tilkomu erfðamengjarannsókna hefur orðið mögulegt að komast að því hver virkni gena og próteina er út frá erfðamengjaröðum. Lífýruefni eru tvíleysnar sameindir sem eru framleiddar af örverum og hafa notagildi á mörgum sviðum sem tengjast líftækni. Roseomonas er ættkvísl sem hefur ekki verið mikið rannsökuð en einangrast gjarnan úr yfirborðslagi staðins ferskvatns (neuston). Til þess að geta lifað í þessu lagi þurfa örverurnar að yfirvinna háa yfirborðsspennu vatns en það gera þær með því að framleiða lífýruefni og mynda örveruþekju.
    Í þessu verkefni var ákveðið að skoða erfðamengi Roseomonas með því markmiði að athuga hvort það væri tenging á milli mismunandi seytikerfa fyrir lífýruefni með tilliti til ólíkra umhverfisaðstæðna en Roseomonas hefur verið einangruð úr ýmis konar umhverfi. Notast var við lífupplýsingafræðileg forrit og vefsíður líkt og NCBI, MEGA, GView Server og KEGG við greininguna.
    Það fannst tenging á milli seytikerfi af týpu VI (T6SS) og myndun örveruþekju hjá Pseudomonas aeruginosa en hluti af Roseomonas tegundunum var með sama kerfi til staðar og P. aeruginosa notar til þess að seyta lífýruefnum og mynda örveruþekju. Ekki fannst annað seytikerfi í þessum tegundum sem hægt var að tengja við lífýruefni og því var einungis borið saman umhverfisaðstæður hjá þeim bakteríum sem voru með T6SS til staðar. Stór hluti af þeim tegundum komu úr jarðvegi eða vatni en við samanburð á öllum tegundum kom í ljós að nokkrar af þeim voru með líkara erfðamengi sín á milli heldur en tegundir úr annars konar umhverfi.
    Hægt er fullyrða að hluti af Roseomonas tegundum geti framleitt lífýruefni en að ná að bera kennsl á fleiri örverur sem framleiða lífýruefni getur verið hagnýtt fyrir rannsóknir á bæði sviði heilbrigðis- og umhverfislíftækni. Niðurstöður benda til þess að ólíkt umhverfi gæti haft áhrif en gera þurfi fleiri rannsóknir með fleiri tegundum úr hverju umhverfi til þess að geta sett fram nánari fullyrðingar

  • Útdráttur er á ensku

    With genomics, it has become possible to determine the function of genes and proteins from genome sequences. Biosurfactants are amphipathic molecules that are produced by microbes and have applications in many areas related to biotechnology. Roseomonas is a genus that has not been extensively studied but has been isolated from neuston layer of fresh water. To be able to live in this phase, microbes produce biosurfactants to overcome the high surface tension of water.
    In this project, the aim was to examine the genome of Roseomonas and see if there was a connection between different secretion systems for biosurfactants regarding different environmental conditions. Roseomonas has been isolated from various types of environments and analysis will be performed using bioinformatic programs and websites such as NCBI, MEGA, GView Server and KEGG.
    A connection was found between the type VI secretion system (T6SS) and biofilm formation pathway in Pseudmonas aeruginosa. A part of Roseomonas species had the same system present that P. aeruginosa uses for secretion of i.e., biosurfactants while forming biofilm. No other secretion systems with connection to biosurfactants were found, so the environmental conditions of those who had T6SS were compared. A large part of those species came from soil or water and with comparison of whole genome sequencing, it became clear that a big part of the soil and water species had more similar genomes than species from other types of environments.
    Therefore, it can be demonstrated that at least some of the Roseomonas species can produce biosurfactants with T6SS which is favorable because identifying more microorganisms that produce these chemicals can be useful for research in both medical- and environmental biotechnology. The results indicate that different environmental conditions could have an effect, but further research with more species from each type of environment is needed to be able to make more detailed statements.

Samþykkt: 
  • 12.6.2023
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/45059


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Lokaritgerð 2023 - Hulda Karen Ingvarsdóttir.pdf1.5 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna