is Íslenska en English

Lokaverkefni (Bakkalár)

Háskólinn á Akureyri > Heilbrigðis-, viðskipta- og raunvísindasvið > B.S. verkefni >

Vinsamlegast notið þetta auðkenni þegar þið vitnið til verksins eða tengið í það: http://hdl.handle.net/1946/46359

Titill: 
  • Erfðamengi Aeromonas : tilvist seytikerfa af týpu I og tengsl þeirra við meinvirkni
Námsstig: 
  • Bakkalár
Útdráttur: 
  • Aeromonas er ættkvísl Gram-neikvæðra baktería sem valda sýkingum bæði í mönnum og dýrum. Það eru margir þættir sem stuðla að meinvirkni ættkvíslarinnar og eru seytikerfi einn þeirra. Seytikerfi af týpu I eða T1SS hefur ekki verið mikið rannsakað í Aeromonas en í þessu verkefni verður kannað hvort seytikerfið sé til staðar í tegundum ættkvíslarinnar og hvort sjá megi vísbendingar um þróunarfræðileg tengsl eða stökkbreytingar í erfðamengi meinvirkustu tegundanna.
    Erfðamengissamsetningar þrjátíu og einnar Aeromonas tegundar voru sóttar í assembly gagnagrunn NCBI og þær skýrðar með RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology). Gen tengt seytikerfi af týpu I úr öllum erfðamengissamsetningunum var margfalt samraðað með MUSCLE algóritmanum og neighbour-joining tegundaþróunartré var gert í MEGA. Meginþáttagreining á samröðuninni var framkvæmd í forritinu Jalview til að skoða nánar líkindi gensins milli tegunda. Að lokum var prótínröðum gensins í meinvirkustu Aeromonas tegundunum margfalt samraðað með MUSCLE algóritmanum og samröðunin lituð með BoxShade.
    Niðurstöður leiddu í ljós að allar Aeromonas tegundirnar sem unnið var með báru gen tengt HlyA T1SS seytikerfinu sem bendir til þess að seytikerfi af týpu I sé almennt til staðar í ættkvíslinni. Núkleotíðaraðir gensins voru líkar í meinvirku tegundunum A. hydrophila, A. dhakensis og A. salmonicida sem gæti þýtt að sameiginleg stökkbreyting hafi átt sér stað sem stuðli að því að þær séu meinvirkari en margar aðrar tegundir ættkvíslarinnar. Skygging með BoxShade sýndi að amínósýruraðir prótínsins sem genið kóðar eru vel varðveittar milli tegunda.

  • Útdráttur er á ensku

    Aeromonas is a genus of Gram-negative bacteria that causes infections in both humans and animals. There are many factors that contribute to the virulence of the genus, secretion systems being one of them. The type I secretion system or T1SS has not been extensively studied in Aeromonas, but this project will examine whether the secretion system is present in species of the genus and whether evidence of evolutionary relationships or mutations can be seen in the genomes of the most virulent species.
    Genome assemblies of thirty-one Aeromonas species were retrieved from the NCBI assembly database and annotated with RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology). A gene associated with the type I secretion system was retrieved from all genome assemblies and a multiple alignment was performed using the MUSCLE algorithm. A neighbor-joining phylogenetic tree was constructed in MEGA and principal component analysis of the alignment was performed in the program Jalview to further compare similarity of the gene between species. Finally, a multiple alignment of the protein sequences of the genes in the most virulent Aeromonas was performed with the MUSCLE algorithm and the alignments were colored with BoxShade.
    Results revealed that all the studied Aeromonas species carried a gene associated with the HlyA T1SS secretion system, suggesting that a type I secretion system is generally present in the genus. The nucleotide sequences of the gene were similar in the virulent species A. hydrophila, A. dhakensis and A. salmonicida which could mean that a common mutation has occurred contributing to them being more virulent than many other species of the genus. BoxShade coloring revealed that the amino acid sequences of the protein encoded by the gene are well conserved between species.

Samþykkt: 
  • 22.2.2024
URI: 
  • http://hdl.handle.net/1946/46359


Skrár
Skráarnafn Stærð AðgangurLýsingSkráartegund 
Lokaverkefni_2023_Aldís Bergsveinsdóttir.pdf2.47 MBOpinnHeildartextiPDFSkoða/Opna